Все время правления Мобуту в стране вспыхивали мятежи, помогали их подавлять страны Запада - новой гражданская война в крупнейшем мировом экспортере урана никому не была нужна. Крупнейшие мятежи были подавлены: в 1968 году собственными силами, в 1977 году Францией и в 1978 году - особенно сильный, едва не закончившийся успехом - Бельгией, Францией и Китаем. В целом, режим Мобуту стал этакой раковой опухолью на теле страны, а богатейшая страна все больше погружалась в трясину коррупции и нищеты...
Вновь страна взорвалась гражданской войной в девяносто седьмом году. Начало конца режима Мобуту послужила резня в соседней Руанде, где не без помощи Мобуту Сесе Секо боевики народности хуту в 1994 году вырезали большую часть народности тутси (по некоторым данным - под миллион человек). В итоге, Руанда была все-таки замирена, а большая часть тутси сумела таки разбежаться по соседним странам - около двух миллионов человек. Беженцы тутси, прибывшие в Заир, пополнили бандформирования некоего Лорена Кабилы, марксиста и, последнего из оставшихся к тому времени в живых соратника Патриса Лумумбы.
И тогда сложился так называемый Альянс Демократических Сил Освобождения (АДФЛ), в который вошли раньше враждовавшие между собой силы: движение этнических тутси АДП по главе с Деогратиасом Бугерой, лумумбисты Касаси Нганду, марксисты ПРП во главе с Лораном Кабилой и банду грабителей во главе с бывшим руандийским солдатом Ансельмом Масасу. Когда создавался этот альянс, все на что рассчитывали его создатели - зачистить районы, приграничные с Руандой и прекратить набеги на Руанду боевиков-хуту из "Интерахамве" (в переводе это означает "Убивающие вместе"), которым покровительствовал президент Мобуту. Но в начале 1997 года, когда с АДФЛ объединились отряды катангских сепаратистов, так называемые "катангские тигры" - всем участникам Альянса стало понятно, что они в силах организовать революцию в самом Заире и свергнуть престарелого "отца нации" со своего трона.
Удивительно, но продвижение боевиков АДФЛ по территории страны практически не встретило сопротивления! Бойцы ФАЗ - армии Заира - вместо того, чтобы воевать с ними, прекратили подчиняться своему командованию и занялись массовыми грабежами и убийствами.
Наступление развивалось стремительно. 24.10.96 пала Увира. 01.11 - Гома. В январе 1997 повстанцы ворвались в Калеми и Кинду, после чего стало понятно, что обстановка в стране окончательно выходит из-под контроля. В феврале - апреле Мобуту выделил 150 миллионов долларов (наворовал он за время правления не менее пяти миллиардов), попытался собрать армию наемников из сербов, бывших французских иностранных легионеров, итальянцев и чилийцев и перейти в контратаку. В это же время Франция силами Иностранного легиона провела ряд операций против боевиков АДФЛ, но все они окончились неудачно. В апреле пали Мбужи-Майи, основной алмазодобывающий центр страны, Лумумбаши и Кисангани. Мобуту пытался договориться с АДФЛ, но безуспешно и 16 мая 1997 года бежал из страны. 20 мая войска АДФЛ вошли в столицу страны Киншасу, закончив тем самым вторую гражданскую войну.