Почти сразу же началась третья гражданская война - силы, входившие в АДФЛ были слишком разнородны и почти сразу после взятия власти началась война между узурпировавшим власть Кабилой и бывшими его сторонниками. Началось все с того, что Кабила в августе 1998 года расторг контракт с руандийским контингентом и позвал в страну танзанийцев и зимбабвийцев. В ответ Руанда спонсировала восстание, положившее начало новой, третьей по счету гражданской войне. Первым поднял мятеж генерал Ондекан с состоящей из тутси 10 батальоном двести двадцать второй бригады - это оказалось спичкой, поджегшей всю страну. Теперь руандийцы объединились с промобутовской ФАЗ, которым Кабила забывал платить зарплату. В августе 1998 повстанцы заняли Гома, Букаву, Кисангани и Матади. В октябре на востоке страны возникло еще одно оппозиционное движение МЛК (движение за освобождение Конго), которое спонсировали Уганда, Бурунди и ангольские партизаны УНИТА.
В свою очередь Кабилу поддержали катангские сепаратисты, Ангола, Намибия, Чад и Зимбабве. В страну вошли ангольские войска с артиллерией и авиацией, чье вмешательство в бои позволило переломить ситуацию и не позволить повстанцам захватить Мбужи Майю и Мбандака. Примерно пятнадцать тысяч бойцов прислал старый друг Кабилы - президент Зимбабве Роберт Мугабе. Еще две тысячи человек прислала Намибия и столько же - Чад. Оружие правительству Кабилы поставили Ливия и Судан, но своих контингентов они не прислали. Кроме того, поскольку правительства Руанды, Бурунди и Уганды поддержали повстанцев, оппозиционные силы в этих странах выступили на стороне правительства Кабилы. В итоге и с той и с другой стороны воевали подразделения, состоявшие из солдат разных стран и разных национальностей, без единого командования, что создавало просто немыслимый бардак.
Стоит также упомянуть десант на Киншасу, организованный одним из лидеров повстанцев, полковником Джеймсом Кабарере, который едва не закончился успехом и оттянул на себя значительные правительственные силы в начальный период войны. Кабарере, начальник штаба конголезской армии и тутси по национальности был отстранен от командования президентом Кабилой по национальному признаку еще до начала войны и затаил на него обиду. После начала войны он присоединился к повстанцам, и с отрядом верных ему бойцов, захватив транспортный Боинг. Вылетел на авиабазу Китона, располагавшуюся рядом со столицей страны Киншасой. Охранявшие базу солдаты, в большинстве своем тутси перешли на сторону Кабарере и таким образом он увеличил свою группировку до трех тысяч человек и поставил под угрозу столицу страны, ради защиты которой правительство было вынуждено оттянуть с фронта значительные силы. 11 августа верные Кабарере войска захватывают города Бома и Матади, 13 августа ГЭС "Инга", питающую столицу, 16 августа Сонгололо, 20 августа Мбанза Нгунга. Испуганный президент Кабила, понимая что своими силами остановить Кабарере не удается, обращается за помощью к Анголе. Только после этого повстанцев удалось остановить - ангольский ограниченный контингент под командованием де Матоса отражает наступление повстанцев, но основным их силам удается с боями отойти на территорию Анголы, контролируемую оппозицией УНИТА.