К концу августа 1998 года повстанцы заняли весь восток и север страны, вплоть до Кисангани, попытка мятежа на западе провалилась. В середине октября после жестоких уличных боев правительственные войска оставили Кинду, на юго-востоке повстанцы захватили все порты на озере Таганьика. В феврале 1999 года началась осада Мбужи-Майи. длившаяся несколько месяцев, и ни к чему не приведшая - возможно из за того, что в стане повстанцев произошел раскол, угандийский и руандийский контингенты начали воевать друг с другом.
В мае 2000 года Кабила начинает наступление на позиции повстанцев и ему удается пройти больше двухсот километров, но затем в бои вступает угандийская армия и правительственная армия теряет все занятые летом позиции. Кроме того, весь конец 1999 и начало 2000 шли тяжелые бои за город Икела, где повстанцы вместе с руандийским контингентом окружили правительственную армию и контингенты зимбабвийцев и намибийцев. После того, как в бой вступили вертолеты и бомбардировщики, город в феврале 2000 года удалось деблокировать.
Весь двухтысячный год шли бои за приграничный с Замбией город Пвету, за провинцию Касаи, за железную дорогу Катанга-Киншаса, которые также не принесли особых успехов ни правительственным войскам, ни повстанцам. Противоборствующие стороны сходятся в клинче, и все больше и больше стран вмешивается в конфликт на той или другой стороне.
16 января 2001 года на заседании военного совета Конго перепалка между президентом Лораном Кабилой и рядом высокопоставленных военных превращается в перестрелку. Была ли это попытка государственного переворота? Вряд ли - судя по свидетельствам очевидцев все намного проще - один из высокопоставленных военных, отчаявшись доказать президенту свою правоту словами, выхватил пистолет и высадил в главнокомандующего всю обойму. Как бы то ни было - президент Кабила скончался на месте, а к власти пришел его сын, двадцатидевятилетний Жозеф Кабила, начальник генерального штаба армии Конго. Бои между правительственными частями и повстанцами продолжались до июля 2002 года, после чего было заключено перемирие. 20 июля 2002 года в Претории между конголезским президентом Кабилой и руандийским президентом Кагаме было заключено соглашение о прекращении огня и выводу руандийского контингента с территории Конго. В свою очередь Жозеф Кабила обещал разоружить боевиков-хуту, признать формирования тутси и назначить генерал-майора Ондекана, поднявшего мятеж, министром обороны...
Но и это не стало концом войны в Конго. 28 марта и 11 июня 2004 года в стране произошли две попытки государственного переворота, подавленных правительственными войсками. Несмотря на договоренности. Руанда свой воинский контингент из Конго не вывела...