Химик и будущий первый президент Израиля Хаим Вейцман предложил Габеру работу в Палестинском исследовательском институте Даниэля Сиффа в Реховоте. Несмотря на перенесенный инфаркт, Габер принял предложение. На исходе января 1934 г, на полпути к Палестине, пожилой учёный остановился в отеле Базеля. 29 января Габер умер от остановки сердца. Тело Габера было кремировано, пепел вместе с прахом жены Клары был захоронен на кладбище Хорнли в Базеле. До института Сиффа (или Зифа) доехала лишь библиотека Габера. Ближайшие родственники Габера также покинули Германию. Его вторая жена Шарлотта с двумя детьми поселилась в Англии. Дальние родственники Габера погибли в концентрационных лагерях. Один из его сыновей, Людвиг (Лутц) Фриц Габер (1921-2004), стал историком в области химического оружия и его применения во время Первой мировой войны. Он опубликовал книгу, назвав её «Ядовитое Облако» («англ. Poisonous Cloud») (1986).
О сыне от первого брака, Германе стоит рассказать отдельно. Он эмигрировал в Соединенные Штаты во время Второй мировой войны. В 1946 г. покончил с собой, как и его мать. Немедленно возникла версия, будто самоубийство было совершено в знак протеста против отцовских разработок химического оружия. Вот только к 1946 г. не было ни старика Габера, ни Германской Империи, а до применения американцами «оранжевого вещества» во Вьетнаме было ещё далеко как до Луны. На мой взгляд всё было проще: От плохой наследственности не уйдёшь.
Габер умер, но дело его продолжало жить. К несчастью. Инсектицид «Циклон Б» продолжал активно использоваться, его производство и применение в условиях военного времени только возросло. Доподлинно известно, кому в голову пришла идея использовать «Циклон» не для борьбы с насекомыми в местах заключения, а для борьбы с самими заключёнными. Впервые для массового уничтожения людей «Циклон Б» применили в сентябре 1941 г. в Освенциме по инициативе первого заместителя коменданта лагеря Карла Фрича. Тогда казнили 600 советских военнопленных и 250 других узников. Комендант лагеря Рудольф Хёсс одобрил инициативу Фрича, и впоследствии именно в Освенциме этот газ применялся для казни людей в газовых камерах. С 10 декабря 1941 г. в администрацию 8 концлагерей поступило распоряжение о проведении комиссиями врачей СС проверок и отбора заключенных. Заключённые, болевшие свыше 4-х недель подлежали уничтожению. Для умерщвления стал применяться уже опробованный «Циклон Б».
Если концентрация синильной кислоты в камере оказывалась достаточна, появлялись судороги, сознание гасло почти мгновенно. Смерть наступала в течение нескольких минут. При низкой концентрации (вследствие недостаточной герметичности газовой камеры) казнимый вначале ощущал першение в горле, горький вкус во рту, головную боль. Появлялась боль за грудиной, рвота, одышка и судороги. Наконец, потеря сознания избавляла человека от мучений.