Летом 1940 года под давлением СССР в Эстонии были начаты внутриполитические преобразования. Сначала после советского ультиматума президент Эстонии назначил просоветское правительство. Затем были проведены выборы в Государственную Думу Эстонии. Выбранные делегаты обратились с просьбой к Верховному Совету СССР о включении советской Эстонии в состав СССР. Эта просьба была удовлетворена в августе 1940 года. Одновременно происходило наращивание советских сил в Эстонии. Штаб КБФ в течение 15–16 июля несколькими эшелонами передислоцировался в Таллин. Здесь же была образована Главная база КБФ, комендант береговой обороны ГлВМБ КБФ размещался в Палдиски. С 10 сентября 1940 года из состава береговой обороны ГлВМБ КБФ была вновь выделена Береговая оборона Балтийского района (БОБР) с подчинением ее коменданта Военному Совету КБФ.
К концу сентября 1940 года система базирования и береговой обороны КБФ в советских республиках Прибалтики была следующей. В Таллине и Палдиски располагалась Главная база КБФ (ГлВМБ). В нее входила береговая оборона островов, прикрывающих подходы к Таллину: Найссаар и Аэгна, а также острова западнее Палдиски: Вяйке-Пакри и Суур-Пакри. В ГлВМБ располагались основные силы КБФ: штаб КБФ, эскадра, 2-я бригада подводных лодок. На Моонзундских островах располагалась Береговая оборона Балтийского района (БОБР). В Латвии – Либавская военно-морская база (ЛибВМБ). В состав ЛибВМБ входили военные порты, части береговой обороны и тыла ВМФ в Лиепае, Вентспилсе и Риге. В самой Лиепае базировался отряд легких сил (ОЛС) КБФ, управление 1-й бригады подводных лодок с 3-м и 4-м дивизионом подводных лодок. В Риге – 1-й и 2-й дн ПЛ 1-й бр ПЛ. Береговая оборона ЛибВМБ была предназначена для защиты морских портов и Ирбенского пролива с его южного берега.
Осенью 1940 года на острова прибыла 3-я отдельная стрелковая бригада. Первоначально она входила в состав КБФ, но затем в ноябре 1940 года была передана ПрибОВО. На острове Хийумаа с мая 1941 года на строительстве укреплений находилось два стрелковых батальона 16-й сд. На островах, также летом 1940 года, был развернут 10-й пограничный отряд, входивший в состав ПрибПО.
В НК ВМФ была введена должность заместителя начальника строительного управления (СУ) по вопросам базового и берегового строительства в Прибалтике, на которую был назначен Б. Л. Лившиц [26] . Для строительства береговой обороны на эстонском побережье был создан 1-й особый строительный отдел, начальник отдела – военинженер 1-го ранга А. И. Евстигнеев (в Латвии – 2-й особый строительный отдел, 3-й ОСО на Ханко). В подчинении 1-го ОСО были развернуты особые линейные строительства (ОЛС). Они располагались: в районе полуострова Пакри – ОЛС № 01; на островах Суур-Пакри и Вяйке-Пакри – ОЛС № 02; в Палдиски – ОЛС № 03; на острове Хийумаа – ОЛС № 04; на острове Сааремаа – ОЛС № 05. Для строительства сооружений в Прибалтике проводился особый призыв со специальным отбором, из него формировались четыре инженерных батальона: с 33-го по 36-й (35-й в Вентспилсе) [27] .