Для строительства ДОТов на островах весной 1941 года сформировали 95-е управление начальника строительства (УНС) и два строительных участка: 115-й на Хийумаа и 114-й на Сааремаа [50] . Начать строительство ДОСов не успели. Как сказано в отчете генерала А. Б. Елисеева: «…К началу войны это строительство не сделало ни одной точки благодаря, главным образом, затяжке окончательного решения штабом ПрибОВО по посадке сооружений и позднего поступления материалов и рабочей силы» [51] . Силами передислоцированной на Сааремаа роты 351-го стройбата на западное побережье завозили и складировали стройматериалы (цемент и арматура). На строительстве военных городков для 3-й осбр работала 293-я отдельная строительная рота. Начиная с мая, приступили к строительству на западном побережье Сааремаа и Хийумаа батальонных районов обороны. На Сааремаа их строили части 3-й осбр, на Хийумаа – 1-й сб 79-го сп 3-й осбр, 3-й сб 156-го сп и 3-й сб 167-го сп. Последние два стрелковых батальона были из состава 16-й сд.
После обострения советско-германских отношений и нарастания угрозы столкновения двух держав система базирования КБФ стала приобретать более оборонительный характер. Кроме внешнеполитических факторов, в наркомате ВМФ было решено, что будет целесообразнее сосредоточить оборону обоих берегов Ирбенского пролива и пролива Соэл в одних руках. Поэтому перед началом войны нарком ВМФ начал коренную реорганизацию системы базирования и береговой обороны КБФ в Прибалтике. В соответствии с принятым решением [52] БОБР расформировывался. Северный сектор БОБР передавался (кроме 44-й батареи) и переименовывался в Передовой сектор ГлВМБ. ЛибВМБ переводилась в разряд маневренной ВМБ. С управлением в Усть-Двинске формировалась Прибалтийская ВМБ (ПрибВМБ). Реорганизацию планировалось завершить к 30 июля 1941 года. Основными частями формируемой ПрибВМБ были: Береговая оборона Рижского залива и Либавская военно-морская база 2-го разряда.
В ходе формирования новой ВМБ необходимо было провести целый комплекс организационных мероприятий. Командование, штаб и отдел политической пропаганды (ОПП) ПрибВМБ формировались из аналогичных органов управления бывшей ЛибВМБ. Управление, штаб и ОПП ЛибВМБ 2-го разряда находились на стадии формирования. В Риге формировался гидрографический район ПрибВМБ и военно-морской госпиталь на 50 коек. На островах и вдоль латвийского побережья Балтийского моря развертывались посты СНиС. В подчинение командира ПрибВМБ должен был войти 5-й дивизион «морских охотников». Для этого в его состав из 2-го дн СКА, дислоцированного в Кронштадте, передавались бы катера МО № 131, 132 и 133. В составе 5-го дн СКА они имели бы номера 511–513 соответственно [53] .