Дислоцированная в Усть-Двинске 85-я местная стрелковая рота переводилась на другой штат и увеличивалась со 160 до 230 человек. Из Лиепаи в Даугавгриву планировалось перевести управление Охраны водного района ЛибВМБ (переименовывалось в ОВР ПрибВМБ), отделение связи ВМБ. Из Риги в Лиепаю – управление участка СНиС, телефонно-телеграфный центр и гидрографический участок. Из Усть-Двинска в Вентспилс – 10-й железнодорожный артиллерийский дивизион, из Лиепаи в Вентспилс – 7-я отдельная железнодорожная эксплуатационная рота. Осуществить в полном объеме все эти организационные мероприятия помешала война. К ее началу намеченные мероприятия начали проводиться в жизнь. Отряд легких сил и управление 1-й бригады подводных лодок было передислоцировано в Усть-Двинск.
Управление Береговой обороны Рижского залива (БОРЗ) дислоцировалось в Курессааре. Управление было создано путем переименования Управления коменданта БОБР. Вся БОРЗ делилась на два сектора: Эзельский и Ирбенский. Руководство Эзельским сектором возлагалось непосредственно на коменданта БОРЗ. В этом секторе формировалось управление 206-го адн в составе 317-й, 24-й и 25-й батарей. Кроме этого дивизиона в секторе были отдельные батареи: 44-я на острове Хийумаа и 43-я на острове Сааремаа. После вступления в строй, в состав сектора передавалась 355-я батарея (4—180-мм). В составе Эзельского сектора оставалась также 10-я саперная рота. В Курессааре развертывался военно-морской госпиталь на 100 коек и формировался участок СНиС для обеспечения Эзельского сектора.
Управление Ирбенского сектора БО было создано путем переименования Управления сектора БО бывшей ЛибВМБ с дислокацией в Вентспилсе. В составе Ирбенского сектора развертывался 207-й адн. Его управление формировалось, и в его состав включались 40-я и 46-я береговые батареи и 513-я и 514-я зенитные батареи. Также в состав сектора входил в полном составе 10-й ажддн. В состав сектора входило три отдельные батареи: в районе Вентспилса – 45-я и на мысе Сырве (Сааремаа) – 315-я. Строящаяся на мысе Сырве 338-я батарея (4—305-мм) также включалась в состав сектора. В этот же сектор из Лиепаи переводилась 7-я отдельная эксплуатационная железнодорожная рота. Ирбенскому сектору подчинялись береговые батареи в Риге. Они переводились на сокращенный штат. В Вентспилсе формировался отдел тыла ПрибВМБ и участок СНиС. Береговые артиллерийские батареи в Лиепае объединялись в 208-м адн. В составе береговой обороны оставалась 18-я оаждбат. Здесь же оставался участок СНиС.
Изменения касались и системы ПВО. Участки ПВО Балтийского района и ЛибВМБ расформировывались. В Лиепае планировалось развернуть еще один зенитный дивизион (59-й из состава 2-го полка ПВО) и все три дивизиона в городе объединить в зенитный артиллерийский полк (8-й). На острове Сааремаа развертывался 104-й зенитный дивизион. В его состав включались все зенитные батареи, дислоцированные на острове.