В период 27 мая – 15 июня 1941 года в состав БОРЗ прибыла последняя в довоенном периоде воинская часть – отдельная химическая рота (без номера). Дислоцировалась она в Курессааре. Рота находилась в непосредственном подчинении начальника химической службы БОРЗ КБФ старшего лейтенанта М. П. Цветкова. Организационно ОХР БОБР КБФ состояла из взвода химических танков (три машины Т-26), трех взводов АРС (авторазливочных станций), взвода жидкой дегазации и учебного взвода [54] .
На островах располагались также пограничные войска, входившие в состав Прибалтийского пограничного округа. Побережье островов охранял 10-й Куресаарский пограничный отряд (начальник майор С.М. Скородумов, численность 1179 человек). В состав 10-го ПО входили 5 пограничных комендатур: 1-я и 2-я – на острове Даго (1–6 и 7—12 пограничные заставы соответственно; штаб 2-й комендатуры – Кердля, начальник – старший лейтенант, затем капитан П. Ф. Каблучко, начальник 1-й комендатуры – капитан А. Н. Жолос), 3-я, 4-я и 5-я – на о. Эзель (13–18, 19–24 и 25–30 заставы соответственно; в целом – 30 береговых застав). Приграничные воды охранял 2-й Балтийский морской пограничный отряд пограничных судов (начальник капитан 3-го ранга А. Н. Перфилов, численность 1474 человека), 1-й дивизион этого отряда дислоцировался в Таллине, 2-й в Лиепае, 3-й в Усть-Нарве. В составе 1-го дивизиона имелись корабли: сторожевой корабль типа ОХТ (проекта 122) «Топаз»; катера типа МО-4 – ПК-200, ПК-201, ПК-202, ПК-203, ПК-204, ПК-205, ПК-206, ПК-207, ПК-208, ПК-209, ПК-210, ПК-211; катера типа КМ-4 – К-277, К-278, К-279, К-280, К-281, К-282, К-283, К-284, К-285; катер типа МКМ – К-273; посыльное судно (буксир) «Уран» (бывший латвийский «Varonis»); катер КП-11; катера № 1, 2, 3, типа «Лимузин» (внештатные, бывшие эстонские разъездные катера). В составе 2-го дивизиона имелись следующие корабли: катера типа МО-2 – ПК-216, ПК-217; катера типа МО-4 – ПК-212, ПК-213, ПК-214, ПК-215, ПК-218, ПК-219, ПК-220, ПК-221, ПК-222, ПК-223; катер типа КМ-4 – К-296, К-297; сторожевой корабль «Коралл» (бывший литовский «Pirmunas», ранее – «Prezidentas», «Prezidentas Smetona», с сентября 1940 до января 1941 года – «Задорный»); посыльное судно «Юпитер»; катер К-267 (бывший литовский катер «Partizanas»); катера типа К – К-271, К-272; катер типа МКМ – К-274. Перед началом войны ко 2-му дивизиону был прикомандирован сторожевой корабль «Аметист» (бывший эстонский «Sulev») Ленинградского Военно-морского пограничного училища [55] .
По плану мобилизационного развертывания 2-й дивизион БОПГ переходил в подчинение командира ЛибВМБ. Приграничное небо охраняла 11-я отдельная авиационная эскадрилья, базировалась на аэродроме Курессааре (командир майор Н. М. Петров, 9 СБ, 3 МБР-2). При необходимости воздушная группировка на островах усиливалась ВВС КБФ. Так, уже в ноябре 1940 года, во время учений, на аэродроме Курессааре базировалась 2-я эскадрилья 71-го ап [56] . В Пярну дислоцировались бомбардировщики 73-го ап.