В 1941 году премию присуждали впервые, и поначалу ее считали такой же персональной наградой, как и орден. Патон понимал, где и как его имя могло попасть в список первых лауреатов. И, тем не менее, он отправил письмо председателю Совнаркома СССР Молотову с настойчивым требованием: надо исправить ошибку! Он приобщил к письму список сотрудников, которые вместе с ним работали над созданием автоматической сварки под флюсом. Ответ Молотова был лаконичен: в таких документах ошибок не бывает, побеждает армия, а награждают генералов.
Тогда Евгений Оскарович исправил ошибку сам.
К премии прилагался весьма солидный денежный эквивалент – 100 тысяч рублей. Академик по одному вызвал к себе наиболее активных участников разработок – В. Дятлова, А. Лапина, И. Кирдо – и узнал номера их сберегательных книжек. Для чего это, никто не спросил. Раз просит, значит, надо. А вот с Владимиром Степановичем Шириным вышла накладка. Ширину было уже восемьдесят, но он продолжал работать простым рабочим, однако технологию – в институте это знали все – умел разработать не хуже любого инженера. Евгений Оскарович спросил о номере его сберкнижки, а тот отвечает: «Ее у меня нет». – «Как так нет?! После работы положите в сберкассе пять рублей, а книжку завтра принесите мне». Через несколько дней Евгений Оскарович вернул сберкнижку Ширину а в ней к пятерке приписаны… двадцать пять тысяч! Так и раздал Патон всю премию, не оставив себе ни одной копейки. Не многие сотрудники имели таких начальников.
Но Сталинская премия скоро перестала быть столь значимой – началась война.
Так случилось, что выпускной диплом Борис Патон защитил 22 июня 1941 года. Позже он вспоминал: «22 июня 1941 года нас, рабов божьих, отправили на защиту дипломов. И мы пешака – я с улицы Михаила Коцюбинского – отправились в КПП. На площади Победы (тогда Евбаз) попали под бомбежку. Немцы бомбили 43-й авиазавод, находившийся за «Большевиком». Мы оказались настолько несведущи, что побежали укрываться от бомб в подворотню. Хотя по всем военным канонам надо удирать на открытое пространство. Слава богу, все обошлось. Бомбежка прошла, и мы добрались в КПИ. Моя работа была полностью готова. Я благополучно ее защитил. Даже с отличием. Но повезло и тем, кто благодаря войне смог представить на защиту незаконченный диплом».
Борис хотел работать в Ленинграде. В первый день войны, 22 июня 1941 года, он закончил Киевский индустриальный институт и получил путевку на питерский судостроительный завод. Ему нравился Ленинград – белые ночи, романтика. Но началась блокада города, и поэтому Борис Патон был сначала командирован на судостроительный завод «Красное Сормово» в Горький, где выпускались подводные лодки, а затем направлен в Нижний Тагил.