Использование подлодок II серии в тренировочных флотилиях
24-я флотилия подводных лодок была создана для обучения командного состава и тренировочной стрельбе торпедами. В её состав входили следующие подлодки:
| Название | Сроки эксплуатации | Название | Сроки эксплуатации |
| U 8 | 6.40- 10.40 | U 142 | 10.40- 12.40 |
| U 9 | 6.40- 10.40 | U 143 | 10.40- 12.40 |
| U 14 | 6.40- 10.40 | U 148 | 12.40-8.41 |
| U 18 | 7.40- 12.40 | U 151 | 1.41 -9.41 |
| U 19 | 6.40- 12.40 | U 152 | 1.41 -9.41 |
19-я флотилия подводных лодок была создана для обучения технического состава, списанные с боевой службы подлодки стояли у стенки причала в порту. В её состав входили следующие подлодки:
| Название | Сроки эксплуатации |
| U 56 | 6.44-4.45 |
| U 57 | 6.44 - 4.45 |
| U 58 | 6.44 - 4.45 |
| U 59 | 6.44 - 4.45 |
Использование подлодок II серии для испытаний нового оборудования
U 11 участвовала как опытная подлодка с июня 1940 г. по сентябрь 1941 г. в испытаниях по маскировке в подводном положении (опыты по анти-гидролокации). Весь её корпус был покрыт специальным маскирующим покрытием «Фафнир». Оно состояло из треугольных резиновых призм толщиной 1 см и длиной равной половине длины волны звука, чтобы поглощать его. Британский гидролокатор работал в диапазоне 8-30 килогерц, что соответствовало длине 2,5 -9 см. Расстояние между резиновыми зубцами не должно быть больше, чем длина волны пограничной частоты, это было около 5 см. Слой «Фафнира» был укреплен на корпусе лодки под пластмассовой оболочкой, прикрепленной к металлической раме. Здесь практический метод опирался на создание отражающих ячеек (подобно картонным ячейкам покрывающим стенку в студии звукозаписи). U 11 участвовала в обширных испытаниях совместно с экипажами подлодок U 95, U 96 и опытным судном «Laboe» осенью 1940 г.
Хотя были получены хорошие результаты в ходе испытаний, однако было ясно, что такая наружная непрочная оболочка поверх корпуса непригодна для боевых условий. Поэтому был создан двойной слой звукопоглощающей резины, который получил название «Альберих». Однако он на U 11 не испытывался. С октября 1941 г. по февраль 1943 г. U 11 была придана 5-й флотилии подводных лодок в Киле. Затем она была переведена в 22-ю учебную флотилию.
U 57 и U 58 были первыми немецкими подлодками, на которые был установлен шнорхель. 3 марта 1943 г. Хельмут Вальтер предложил гросс-адмиралу Дёницу установить на подлодке прибор, с помощью которого подлодка оставалась под водой даже при работе дизеля. Это были трубы для приёма воздуха и отвода выхлопных газов. Дёниц сразу же понял ценность этого предложения и дал задание Вальтеру разработать и создать такой прибор в кратчайшее время. Вальтер дал задание по разработке своим сотрудникам -инженерам Хеепу и Габлеру. 19 мая 1943 г. Вальтер доложил Дёницу о ходе работ и предложил трубы для приёма воздуха и отвода выхлопных газов сделать подвижными подобно перископу, а в рубке создать соответствующий пост контроля. При погружении и всплытии труба автоматически закрывается и открывается. При скорости более 7 узлов мотор может засасывать воздух необходимого объёма через 60 сек (выходить на нужный режим работы).