В тридцатилетнем возрасте рав Исраэль Салантер пользовался уже таким исключительным авторитетом, что его пригласили стать главой знаменитой виленской иешивы "Рамайлес". Он согласился и приехал в Вильно на "гарантированное жалованье четыре рубля в неделю и при готовой квартире". Но прежний руководитель иешивы возражал против его назначения, и тогда рав Исраэль тут же оставил этот пост, хотя на его стороне были все влиятельные лица общины. Он открыл в Вильно свою маленькую иешиву, занимался с учениками и с любым жителем города, который приходил к нему, и получал за это крохотное вознаграждение. Его глубокие знания, вера, скромность и постоянное желание помочь каждому сделали его очень популярным в городе. Когда в Вильно открыли казенное раввинское училище, власти предложили раввину Исраэлю Салантеру возглавить его. Но он отказался, потому что не ожидал от этого дела никакой пользы еврейству. Кроме знаний, которые способно дать это училище, объяснял он, нужна еще и глубокая вера, а этого казенное училище привить не сможет. После отказа он сразу же уехал в Ковно, опасаясь преследования властей, но и там отказался от обеспеченной должности в общине, чтобы без помех распространять свое учение. Один из его последователей давал ему ежемесячно небольшую сумму денег, но рав Исразль считал, что и эти копейки он присваивает незаконно. Он много работал в Ковно, обучал и воспитывал молодых учеников, чтобы подготовить раввинов в противовес тем, которых готовили казенные раввинские училища. Рав Исраэль приучил себя не отвлекаться на пустые беседы, чтобы не тратить драгоценного времени, но однажды его ученики чрезвычайно удивились, услышав, как их уважаемый учитель разговаривал о пустяках с каким-то человеком. "Этот человек был очень расстроен, - объяснил он. - Благое дело - развлечь его и заставить позабыть о своем горе, а вы же понимаете, что не беседой о мусаре можно было развеселить его".
Рав Исраэль Салантер был против сухого, неокрашенного эмоциями изучения Талмуда, но он не принимал и многого в хасидизме. В отличие от хасидов он учил, что Богу надо служить серьезно, потому что радость ведет к легкомыслию. Он приучал своих учеников к самопознанию и к самоусовершенствованию и часто говорил, что если человек лишь выслушивает проповеди о морали или читает книги на эти темы, то лучше от этого он не становится, потому что "расстояние между знанием и действием, между словом и делом так же велико, как между небом и землей". Единственное спасение - это мусар, ежедневная самоуглубленность, познание самого себя и самоочищение. Каждый человек - это книга о мусаре, и нужно много и старательно работать, чтобы добиться понимания этой книги, имя которой - ты сам. И потому мусаром должен заниматься каждый, от простого человека и до выдающегося ученого. Это надо делать с воодушевлением, чтобы почувствовать себя потрясенным до глубины души и ощутить потребность в покаянии, - иначе слова мусара не достигнут закрытого наглухо человеческого сердца, которое не поддается влиянию даже самых хороших и нужных речей. "Если человек, - учил рав Исразль Салантер, - в продолжение всей своей жизни будет час в день заниматься мусаром и этим хоть один раз убережется от злословия, то он уже сделал хорошее дело".