Рав Исраэль Салантер требовал от себя и от своих последователей, чтобы добрые качества в человеке стали его второй натурой. Нужны огромные усилия - приучить себя к естественному желанию делать добро. Человек не должен желать зла другому так же естественно, как он не желает есть испорченные продукты или вдыхать омерзительные запахи. Каждый обязан научиться бороться со своими слабостями: вспыльчивый не должен обращать внимания на неприятные для него речи, мстительный должен научиться прощать обидчика, а завистливый - искоренять в сердце зависть. "Человек не должен думать, - учил он, - что все, созданное Богом, не подлежит изменениям… Это неверно. Мы можем обуздывать действующие в нас силы. Мы можем их изменить…"
Молитвенные дома мусарников были открыты всегда и для всех, чтобы любой человек мог прийти туда в любое, удобное для него время и сосредоточиться. В такой синагоге, говорил рав Исраэль, "никто не будет стыдиться быть откровенным и не станет опасаться, что в момент воодушевления за ним будут подсматривать посторонние; всякий, кто зайдет туда, сам поддастся этому настроению…" В синагоге мусарников был постоянный полумрак. Человек заходил туда, закрывал лицо руками, сосредотачивался и размышлял о суете мира, о своих грехах в прошлом и о неминуемых грехах в будущем, о неумолимом и карающем Боге. Кто-то начинал плакать, к нему присоединялись другие, стоны и рыдания сотрясали стены синагоги, и в этот момент кто-нибудь, невидимый в полумраке, произносил изречения из Священного Писания, чтобы еще более усилить раскаяние: "Обратись к покаянию за день до кончины" или "Знай, перед Кем ты стоишь". Все повторяли одно изречение много раз подряд, до полного изнеможения, затем следующее изречение - тоже много раз подряд, за ним еще и еще, и так несколько часов плача, раскаяния и самоочищения. Порой доходило до того, что некоторые из мусарников забрасывали все свои дела, торговлю и ремесла, зарабатывали самый минимум на кусок хлеба и все свободное время занимались лишь очищением души.
Последние годы своего пребывания в Ковно рав Исраэль Салантер жил затворником и допускал к себе лишь ближайших учеников. Затем он поехал в Восточную Пруссию, откуда шло в Литву светское просвещение, чтобы бороться с ним на месте, при помощи своего учения. Он побывал в Кенигсберге, Франкфурте, Берлине и в других городах, везде привлекал к себе последователей, особенно среди молодежи, и открывал молитвенные дома мусарников. Рав Исраэль часто болел, был слаб телом, но полон всевозможными проектами. Издавал еженедельник с вопросами и ответами на темы мусара;