После захода в Мальмё (Швеция) и зимних учений "Мольтке" с декабря 1912 г. по февраль 1913 г. находился в текущем ремонте на верфи в Вильгельмсхафене. В это время в командование кораблем вступил фрегатен– капитан, затем капитан 1-го ранга Левентцов. Вице-адмирал Бахман поднял свой флаг на "Йорке". В феврале и марте 1913 г. состоялись учения 1-й разведывательной группы и флота Открытого моря в Каттегате и Северном море. После окончания этих маневров вице-адмирал Бахман, который 19 февраля 1913 г. снова поднял свой флаг на "Мольтке", 14 марта 1913 г. вновь перенес его на "Йорк". Но с 1 мая 1913 г. идо лета 1914 г. командующий группой и его штаб окончательно перешли на "Мольтке".
Поскольку, кроме уже отправленных в Средиземное море крейсеров "Гебен" и"Бреслау", туда же в начале апреля 1913 г. были направлены легкие крейсера "Дрезден" и "Штральзунд", то в мае 1913 г. для учений флота, кроме "Мольтке", можно было использовать только пять легких крейсеров: "Кёльн" (флагманский корабль 2-го флагмана), "Штеттин", "Кольберг",’’Штральзунд" и "Кенигсберг". "Фон-дер-Танн" находился в текущем ремонте на верфи, "Йорк" был выведен из состава флота в резерв. Лишь один "Зейдлиц" должен был 22 мая 1913 г. временно войти в состав флота для участия в маневрах.
В состав флота, также временно на период маневров, включили тяжелый крейсер "Блюхер", в то время используемый как опытный артиллерийский корабль. С 15 июля по 10 августа 1913 г. 1-я разведывательная группа принимала участие во всех походах флота. При этом "Мольтке" с 27 июля по 3 августа 1913 г. посетил Лаердалсорен. После завершения испытаний 17 августа 1913 г. вошел в состав 1-й разведывательной группы "Зейдлиц" и также принял участие в осенних маневрах.
30 сентября 1913 г. после трехлетнего командования 1-й разведывательной группой контр-адмирал Бахман покинул этот пост. Его сменил контр-адмирал Хиппер, который после возвращения из отпуска 15 октября 1913 г. поднял свой флаг на борту "Мольтке".
После окончания состоявшихся в марте-апреле и в мае 1914 г. маневров флота контр-адмирал Хиппер 23 июня 1914 г. перенес свой флаг с "Мольтке" на "Зейдлиц" как постоянный флагманский корабль 1-й разведывательной группы. Смена флагманского корабля была обоснована тем, что в это время планировали уход "Мольтке" в Восточную Азию на смену "Шарнхорсту". В летнем походе флота в Норвегию "Мольтке" принял участие в составе 1-й разведывательной группы, не имея флагманских функций.
Соображения о его посылке в Восточную Азию как-то сами собой отпали, когда выявилась необходимость отозвать "Гебен" из Средиземного моря для капитального ремонта и заменить его "Мольтке". Но и это решение было сорвано начавшейся в августе 1914 г. первой мировой войной.