Так же, как и во многих других странах периода Второй мировой войны, в Японии существовал большой интерес к десантным планерам. В августе 1941 г. G3M испытывался в качестве буксировщика планера «Кугисё» MXY5, вмещающего 11 солдат с полной выкладкой. Однако после успешных морских десантных операций начала войны интерес флотского командования к планерам угас. Лишь в 1944 г. работы по данной тематике возобновились – теперь планер MXY5a, буксируемый G3M3, должен был стать средством доставки в тыл противника «специальных штурмовых групп» – то есть, смертников. Но до реального боевого применения и в этот раз дело не дошло – всё ограничилось испытаниями.
Гораздо большее распространение, нежели буксировщики планеров, получили обычные транспортные самолёты на базе G3M. Уже в 1937 г. 1-й морской авиационный арсенал («Дай-Ичи Кайгун Кокусё») получил заказ на переоборудование G3M1 в скоростной курьерский самолёт. При этом снималось вооружение (за исключением одной верхней пулемётной башенки), бомбовый прицел и бомбодержатели, а в фюзеляже вдоль бортов установили десять пассажирских кресел, прорезав у каждого по небольшому иллюминатору.
Несколько серийных G3M1 прошли подобное переоборудование, получив обозначение G3M1d модель 11D, позже смененное на L3Y1 модель 11 («Морской тип 96 береговой двухмоторный транспортный самолёт»). Поначалу они применялись для перевозок высших офицеров между Японией и Китаем, а с вступлением Японии во Вторую мировую войну – для поддержания связи с базами на Соломоновых о-вах, Новой Британии и Новой Гвинее.
В 1938 г. интерес к новому бомбардировщику проявила и гражданская авиакомпания «Ниппон Коку К.К.». Для её нужд переоборудовали 24 самолёта G3M2 модель 21 с моторами «Кинсей» 41. Объём доработок был в целом аналогичен L3Y1, но вооружение полностью отсутствовало, а количество пассажирских мест ограничивалось 8. Самолёты, получившие название «Со- Ю», эксплуатировались на линиях, связывавших Японию с Кореей, Китаем и подмандатными территориями в Тихом океане. Отметились они и несколькими рекордными перелётами. В частности, самолёт с регистрацией J-BEOA в апреле 1939 г. выполнил перелёт Токио-Тегеран-Токио, a J-BAOC – Токио-Рим- Токио. Машина J-BACI готовилась к кругосветному перелёту, спонсором которого выступал газетный концерн «Майнити Симбун». Рекордный рейс начался 26 августа 1939 г., но в Сиэтле экипаж получил сообщение о начале войны в Европе. Перелёт решено было продолжить, откорректировав маршрут. В Японию самолёт вернулся 20 октября, преодолев за 194 лётных часа дистанцию в 52860 км. После вступления Японии во Вторую мировую войну все самолёты «Со-Ю» были переданы флоту, получив обозначение G3M1-L модель 12 («Морской тип 96 двухмоторный транспортный самолёт»).