Новые перемены в жизнь Маккарти внесла война. Судьи не подлежали призыву на военную службу в течение всего срока, на который они были избраны. Но Маккарти в июне 1942 года решил подать заявление о вступлении в корпус морской пехоты. Его просьба была удовлетворена и вскоре, пройдя курс подготовки, он был направлен на Тихоокеанский театр военных действий офицером разведки. На время службы Маккарти не ушёл в отставку, а попросил своих коллег, окружных судей, замещать его. Такая замена была обычной практикой; позже он и сам охотно вёл дела в других округах.
На Тихом океане офицеры разведки, в основном, фотографировали с самолётов расположения объектов и войск противника. Маккарти иногда заодно выполнял обязанности хвостового стрелка.
В 1944 году, после двух лет службы, капитан Джозеф Маккарти решил баллотироваться в сенат Соединённых Штатов, по списку республиканской партии. На время предвыборной кампании он получил в своей части 30-дневный отпуск.
Для претендента на высокую должность сенатора США в активе Маккарти было не так уж много: недолгая работа окружным судьёй, служба в морской пехоте во время войны, несколько репортажей о нём в висконсинских газетах, да ещё 42 тысячи долларов, которые он, между делом, заработал на бирже. Привлечь избирателей могло только то, что он во время войны добровольцем отправился на фронт, оставив судейское, хорошо оплачиваемое ($8 тыс. / год), кресло.
Соперником Маккарти был сенатор Александр Уайли, добивавшийся переизбрания. Маккарти пытался максимально использовать свои преимущества ― появлялся на предвыборных митингах в военной форме (хотя и не произносил при этом речей, что запрещалось законом), почти каждое воскресенье посещал католические церкви и т. д. Но всё же организованной поддержки у него не было и на республиканских праймериз Уайли обошёл его с большим отрывом.
20 февраля 1945 года Маккарти демобилизовался из морской пехоты и вернулся к своим судейским обязанностям. Одновременно он начал подготовку к следующим выборам в сенат, которые должны были состояться осенью 1946 года. Он не упускал случая выступить как ветеран войны; охотно откликался на просьбы других окружных судей заменить их, чтобы лишний раз появиться перед избирателями разных городов. Но главным образом он искал поддержку своей кандидатуре у лидеров республиканских организаций штата.
Соперником Маккарти в новой избирательной кампании был Роберт Лафоллетт-младший, представлявший Висконсин в сенате США с 1925 года. Победить его на выборах представлялось делом на порядок более сложным, чем победить Александра Уайли. Семейство Лафоллеттов доминировало в политической жизни Висконсина уже почти полвека. Роберт Лафоллетт-старший был губернатором Висконсина в 1901-06 гг.; сенатором США в 1906-25 гг.; кандидатом на пост президента в 1924 году. Его сын Филипп был губернатором штата в 1931-33 и 1935-39 гг. Роберт Лафоллетт-младший сменил отца в сенате США в 1925 году и в 1928 году был переизбран от Республиканской партии. Он поддерживал сенатора от Луизианы Хью Лонга и его план "Разделим наше богатство"; ряд мер "Нового курса".