Для борьбы с «Пантерами» ФБР использовало несколько методов:
• Подслушивание и наблюдение: обширная программа по перехвату разговоров, проникновению и краже информации тайными сотрудниками, организация слежки и перехват почты.
• Подделка почты: сфабрикованная корреспонденция, рассылаемая как от лица к лицу внутри движения, так и от организации властям.
• Антипропаганда чёрных: фабрикация и распространение публикаций, направленных на снижение доверия к «Чёрным пантерам», падение их рейтинга и искажение представления о них в глазах общественности.
• Преследования и аресты: постоянные целенаправленные задержания одних и тех же участников, но не с целью выдвинуть реальные обвинения, а с целью их устрашения, развития у них паранойи; реальные аресты, затянутое пребывание в местах лишения свободы до суда с целью угнетения личности или, например, подстроенные передозировки, чтобы подозреваемые не могли явиться в суд, подставляя, таким образом, и своих поручителей.
• Информаторы и агенты-провокаторы: проникновение в организацию информаторов и агентов-провокаторов, использование последних для подрыва доверия к организации.
• Псевдогангстеры: диссидентские группы либо группы, прикрывающиеся именем «Чёрных пантер» с целью подрыва доверия к партии.
• Фальсификация: распространение слухов вокруг ключевых фигур движения о том, что они являются сотрудниками ФБР или полиции, иногда арест и выставление их в такой роли с целью полнейшей дискредитации движения.
• Сфабрикованные доказательства: подтасовка фактов, якобы доказывающих вину ключевых фигур партии в серьёзных преступлениях с целью их заключения в колонии и тюрьмы.
• Убийства: устранение некоторых лидеров организации и прикрытие убийств тем, что «Чёрные пантеры» уничтожили их как мешающих своей политике.
На тот момент, когда ФБР уже глубоко изучило и проникло в ряды «Пантер», партия была на самом пике своей деятельности. Хью Ньютон знал о действиях ФБР и говорил, что для «Пантер» это самая серьёзная угроза. Он понимал, что ФБР попытается стравить членов организации между собой и уничтожить партию, понимал и то, что закон «Пантерам» тут вновь не поможет.
Все эти процессы плюс кризис в руководстве организации заставили многих членов «Пантер» усомниться в политике партии и тем более организации вооружённого мятежа. КОНТРПРО доказала свою эффективность и действительно смогла повернуть общественность против «Пантер».
В 1968 году Хью Ньютон был обвинён в убийстве, однако был полностью оправдан. В 1974 году ему инкриминировали уже другое убийство, но он был также признан невиновным. Постепенно портились отношения с другими организациями чёрных, например, с «Объединёнными рабами» под предводительством Рона Каренга.