Начало было скромным. Вместе с верными пруссами рыцари построили на месте прусских построек на юго-восточном склоне Твангсте небольшую, уходящую в землю деревянную крепость. Но уже с самого начала они намеревались соорудить на просторном западном плато горы большую каменную крепость, к строительству которой они приступили через несколько лет. От Прегеля дорога в крепость вела вверх по упомянутому ущелью с ручьём. Этот ручей, называемый Катцбах, рыцари у входа в крепость перекрыли, получив таким образом пруд, названный впоследствии Шлосстайх, из которого они отвели воду в крепостной ров и одновременно использовали энергию воды для привода в движение мельниц, которые они соорудили в ущелье, позднее названном Мюленгрунд.
У северо-восточного угла крепости, в том месте, где располагалась старая рыночная площадь, возле Янтарной дороги в Самландию возникло поселение с неравномерной планировкой. Это был ещё не город и даже не ядро запланированного любекцами торгового города, но уже civitas, укреплённое поселение, населённое дружинами и мастеровым людом Ордена и обращёнными в христианство пруссами. На его северной стороне возвышалась старейшая церковь Кёнигсберга, небольшая церковь св. Николая в Штайндамме. Вопреки своему святому патрону она была церковью не мореплавателей, а пруссов-христиан для крещения и отпевания. Так как в этом месте поселилось и несколько любекцев, из этого поселения мог бы возникнуть настоящий город, если бы не крупное восстание пруссов, резко прервавшее такое развитие.
Через пять лет после покорения Самландии — главная крепость Кёнигсберг ещё не была достроена, но с её помощью уже можно было держать оборону — пруссы восстали против людей, представлявших опасность для их свободы и веры. Сигналом послужило поражение Ордена у озера Дурбен>{4} в Курляндии в битве против язычников-литовцев. Подготовленное в большой секретности восстание вспыхнуло в сентябре 1260 года. Пруссы перебили всех попавшихся им под руку христиан, захватили врасплох множество крепостей и окружили те немногие, которые оказывали сопротивление. В отличие от прежних сражений, на этот раз нам известны имена их предводителей: самов Гланде и Налубе, эрмландца Глаппо и натангенца Геркуса Монте, который хотя и получил в Магдебурге христианское воспитание, но хотел, как своего рода прусский Арминий или Верцингеторикс>{5}, вернуть своему народу утраченную свободу. После того, как восставшие разбили отряды крестоносцев в Самландии и Эрмландии, они окружили в феврале 1261 года крепость и поселение Кёнигсберг. Им удалось захватить и разрушить недостаточно сильно укреплённый район Штайндамм. Часть населения укрылась в крепости, взять которую пруссам было не под силу. Другая часть была убита. Однако попытка перегородить Прегель ниже крепости провалилась. Водный путь оставался свободным. Таким образом, окружившим крепость отрядам не удалось заморить осаждённых голодом. О том, почему была снята осада, нам ничего не известно. В 1265 году пруссы без видимых причин отступили. Возможно, к тому их побудило приближение новых отрядов крестоносцев, а может быть, и сознание того, что немецких рыцарей невозможно изгнать. Напрасно предводители восставших, эти симпатичные реакционеры, противостояли такому ходу событий, которым суждено было вписать их родину в широкий контекст западноевропейской истории.