Ещё во время сражений в Кёнигсберге произошло важное изменение. Уже в 1243 году папский легат Вильгельм Моденский решил церковные дела Пруссии таким образом, что необходимо было основать четыре епископата, и один из них в Самландии. В результате после того, как епископат после начальной путаницы всё же был образован, гору с крепостью разделили между Орденом и епископом таким образом, что Орден оставил за собой место с главной крепостью, а место старейшего сооружения и кое-какие земельные владения вместе с правом совместного пользования крепостной мельницей уступил епископу. Поскольку епископ во время восстания не имел от своих владений никаких доходов, а одни только расходы, то в 1263 году он согласился на их обмен. За 50 хуф>{6} в надёжной кульмской стороне и обещание оказать содействие при постройке в Самландии замка — его возвели в Фишхаузене — он передал свои владения в Кёнигсберге и в округе Ордену. В обменном договоре сказано, что гохмейстеру эта земля нужна для основания города во славу Христа и для защиты только что обращённых в христианство. Беспорядочно застроенное поселение Штайндамм восстанавливать не стали.
Город заложили на выгодном в транспортном и военном отношении, но неблагоприятном для застройки месте между крепостной горой и Прегелем. Прежде, чем на территории заложили уличную сеть в форме решетки с чётко разделёнными кварталами для построек, необходимо было осушить землю и укрепить берег. Улица Ланггассе в Альтштадте вместе с двумя параллельными улицами — Бергштрассе, проходящей по береговому склону, и Вассергассе у Прегеля — образовывала продольную ось города. Их пересекало множество коротких поперечных переулков. Два незастроенных квартала образовывали рыночную площадь Марктплатц, у которой возвышалась ратуша (рынок Альтштедтишер Маркт). Один квартал на северо-западной стороне оставили для церкви и погоста (площадь Кирхенплатц, названная позднее площадью Кайзер-Вильгельм-Платц). С южной стороны, обращённой к реке, а также с западной и восточной стороны город укрепили, но с северной, обращённой к крепости, он не был защищён. Город имел лишь трое ворот: Штайнтор на западе, Лёбенихтшес Тор на восточном конце улицы Ланггассе и Кремертор, или Коггентор, называемые ещё воротами св. Георга, через которые имелся выход к мосту Кремербрюке, старейшему в Кёнигсберге. Этот мост был собственностью Альтштадта, но находившиеся на нём лавки принадлежали Ордену. Маленькие калитки вели к рыбным мосткам Фишбрюке у Прегеля и наверх к крепости. К Альтштадту относились Штайндамм и большой участок земли вниз по Прегелю вплоть до Лавскена, на котором выросли относившиеся к городу поселение Хуфен и подворье старшего священника, названное позднее Ратсхофом; далее Лаак и Ломзе. На ещё не застроенном острове Кнайпхофе горожанам разрешили основать ластадию (от среднелатинского lastagium, что означает корабельный балласт), то есть складировать лес, сено и зерно. Город был также наделён правом рыбной ловли вверх и вниз по Прегелю вплоть до Пайзе и правом пользоваться принадлежавшим Ордену лесом.