Потом очередь дошла до Твери. Князь Михаил Борисович, опасаясь возраставшей силы Москвы, женился на внучке литовского князя Казимира и заключил с ним в 1484 г. союзный договор. Иоанн начал войну с Тверью и вел ее удачно, но по просьбе Михаила дал ему мир на условии отречения от самостоятельных сношений с Литвой и татарами. Сохранив самостоятельность, Тверь, как раньше Новгород, подверглась ряду притеснений; особенно в пограничных спорах тверичи не могли добиться правосудия на москвичей, захватывавших их земли, вследствие чего все большее число бояр и детей боярских переходило из Твери в Москву на службу великого князя. Выведенный из терпения Михаил завел сношения с Литвою, но они были открыты, и Иоанн, не слушая просьб и извинений, в сентябре 1485 г, подступил к Твери с войском; большинство бояр передалось на его сторону, Михаил бежал к Казимиру, и Тверь была присоединена к великому княжеству Московскому. В том же году Иоанн получил Верею по завещанию тамошнего князя Михаила Андреевича, сын которого Василий еще раньше, испугавшись опалы Иоанна, бежал в Литву.
Внутри Московского княжества также уничтожались уделы и падало значение удельных князей перед властью Иоанна. В 1472 г. умер брат Иоанна, князь дмитровский Юрий, или Георгий; Иоанн взял себе весь его удел и ничего не дал другим братьям, нарушая тем старые порядки, по которым выморочный удел должен был идти в раздел между братьями. Братья поссорились было с Иоанном, но помирились, когда он дал им некоторые волости. Новое столкновение произошло в 1479 г. Покорив Новгород с помощью братьев, Иоанн не дал им участия в Новгородской волости. Недовольные уже этим, братья великого князя были еще более оскорблены, когда он приказал одному из своих наместников схватить отъехавшего от него к князю Борису боярина (князя Ив. Оболенского-Лыко). Князья волоцкий и угличский, Борис и Андрей Большой Васильевичи, снесшись между собою, вступили в сношения с недовольными новгородцами и Литвой и, собрав войска, вступили в новгородские и псковские волости. Но Иоанн успел подавить восстание Новгорода. Казимир не подал помощи братьям великого князя, одни же они не решились напасть на Москву и оставались на литовском рубеже до 1480 г., когда нашествие хана Ахмата дало им случай с выгодой помириться с братом.
Нуждаясь в их помощи, Иоанн согласился заключить с ними мир и дал им новые волости, причем Андрей Большой получил Можайск, принадлежавший ранее Юрию.
В 1481 г. умер Андрей Меньшой, младший брат Иоанна; задолжав ему 30000 рублей при жизни, он по завещанию оставил ему свой удел, в котором другие братья не получили участия. Десять лет спустя Иоанн арестовал в Москве Андрея Большого, за несколько месяцев до того не выславшего своей рати на татар по его приказу, и посадил его в тесное заключение, в котором тот и умер в 1494 г.; весь удел его был взят великим князем на себя. Удел Бориса Васильевича по смерти его наследовали два его сына, из которых один умер в 1503 г., оставив свою часть Иоанну.