Характер власти московского государя при Иоанне подвергся значительным изменениям, зависевшим не только от фактического его усиления с падением уделов, но и от появления на подготовленной таким усилением почве новых понятий. С падением Константинополя русские книжники стали переносить на московского князя то представление о царе — главе православного христианства, которое раньше связывалось с именем византийского императора. Такому перенесению способствовала и семейная обстановка Иоанна. Первым браком он женат был на Марии Борисовне Тверской, от которой имел сына Иоанна, прозванного Молодым (см. ниже); сына этого Иоанн назвал великим князем, стремясь упрочить за ним престол. Марья Борисовна умерла в 1467 г., а в 1469 г. папа Павел II предложил Иоанну руку Зои, или, как она стала называться в России, Софьи Фоминишны Палеолог, племянницы последнего византийского императора. Посол великого князя — Иван Фрязин, как его называют русские летописи, или Жан-Баттиста делла Вольпе, как было его имя в действительности, окончательно устроил это дело, и 12 ноября 1472 г. Софья въехала в Москву и обвенчалась с Иоанном. Вместе с этим браком сильно изменились и обычаи московского двора: византийская принцесса сообщила своему мужу более высокие представления о его власти, внешним образом выразившиеся в увеличении пышности, в принятии византийского герба, в введении сложных придворных церемоний и отдалившие великих князей от бояр. Последние враждебно относились поэтому к Софье, а после рождения у нее в 1479 г. сына Василия и смерти в 1490 г. Иоанна Молодого, у которого был сын Димитрий, при дворе Иоанна явно образовались две партии, из которых одна, состоявшая из наиболее знатных бояр, в том числе Патрикеевых и Ряполовских, отстаивала права на престол Димитрия, а другая — по преимуществу незнатные дети боярские и дьяки — стояла за Василия. Эта семейная распря, на почве которой столкнулись враждебные политические партии, переплелась еще с вопросом церковной политики — о мерах против жидовствующих; мать Димитрия Елена склонялась к ереси и воздерживала Иоанна от крутых мер против нее, а Софья, напротив, стояла за преследование еретиков. Сперва победа была, казалось, на стороне Димитрия и бояр. В декабре 1497 г. открыт был заговор приверженцев Василия на жизнь Димитрия; Иоанн арестовал сына, казнил заговорщиков и стал остерегаться жены своей, уличенной в сношениях с ворожеями. 4 февраля 1498 г. Димитрий был венчан на царство. Но уже в следующем году опала постигла сторонников его: Сем. Ряполовский был казнен, Ив. Патрикеев с сыном пострижены в монахи; вскоре Иоанн, не отнимая еще у внука великого княжения, объявил сына великим князем Новгорода и Пскова; наконец 11 апреля 1502 г. Иоанн явно положил опалу на Елену и Димитрия, посадив их под стражу, а 14 апреля благословил Василия великим княжением. При Иоанне дьяком Гусевым был составлен первый Судебник, Иоанн старался поднять русскую промышленность и искусства и с этою целью вызывал из-за границы мастеров, из которых самым известным был Аристотель Фиораванти, строитель московского Успенского собора. Иоанн умер в 1505 г.