В советское время Пустынь была упразднена и разрушена; в 1930-е годы взорвали дивную по красоте церковь в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» и разрушили Покровскую. Некоторое время на ее территории находились культхоз, агробаза, школа, детская турбаза, в монашеских корпусах жили мирские люди…
В конце 1970-х годов местных жителей стали отселять в благоустроенные дома и квартиры и Голосеевская Пустынь превратилась в пустырь. Но тем не менее верующие ее не забывали. Ежегодно 30 марта, в день тезоименитства преподобного Алексия Голосеевского, на его могилку в Голосеево приезжали священнослужители, монашествующие и миряне. Служились панихиды, устраивались поминальные трапезы и, несмотря на опасения верующих, никаких облав в этот день не было. Батюшка настолько почитаем в народе, что с момента его кончины в 1917 году и по сей день на его могилке теплится лампадка и в любое время к нему спешат люди.
В 1990-х годах устроители Голосеевской Пустыни и старцы, подвизавшиеся в ней, прославлены в лике местночтимых святых.
Когда на ее территории поселилась монахиня Алипия, Пустынь представляла собой жалкое зрелище: развалины на пустыре, среди которых лучше всего сохранились стены бывшего митрополичьего дома. Но духовному взору матушки Алипии было открыто, что святая обитель возродится.
Однажды, проходя по территории разрушенной Пустыни с сестрами Флоровского монастыря, блаженная сказала:
– Девки, смотрите: тут еще будет монастырь и служба.
Монахини подумали: «Как же здесь будет служба? В таких руинах?»
Но время подтвердило истинность предсказания Голосеевской старицы. В 1993 году, спустя пять лет после ее кончины, Пустынь стала возрождаться как скит Киево-Печерской Лавры и сюда приехали первые насельники – Архимандрит Исаакий с послушниками. Еще через три года по благословению Священного Синода Украинской Православной Церкви скит стал самостоятельным мужским монастырем «Свято-Покровская Голосеевская Пустынь».
Всех, кто приходил к матушке в Голосеево, она неизменно посылала на могилку к преподобному Алексию Голосеевскому, который в то время еще не был прославлен.
– Пойди, поклонись, – говорила блаженная, – там священник служит.
Те, кто бывал у матушки постоянно, исполняли это и без ее напоминания, потому что старица могла не принять человека, если он не воздал поклонения чтимому Голосеевскому старцу. Без сомнения, она и сама неоднократно молилась на святой могилке. По свидетельству очевидцев, в эти годы на могилке преподобного всегда теплилась лампадка и горели свечи, даже если выпадал глубокий снег и дорогу в сторону Пустыни не успевали расчистить. А кто не знает о том, что старица очень любила ставить в храме свечи, на них она тратила почти всю милостыню, которую ей подавали.