Через два года после Вартбургского фестиваля Карл Юнг (старший) был арестован прусскими властями, после того как его друг убил государственного чиновника. Обвиненный в политической демагогии, Юнг провел последующие тринадцать месяцев в берлинской тюрьме.
Сидя в своей грязной камере, пропитанной смрадом человеческих отходов, он оплакивал тот печальный факт, что его медицинская карьера в любимой Отчизне завершилась, так и не начавшись. Теряя с каждым месяцем надежду, он боролся с искушением истолковать свое Длительное тюремное заключение как месть Создателя за дерзкое отступничество. Его настойчивое желание участвовать в политическом, культурном и духовном союзе народников, его ненависть к Папе и папистам, его пиетисткое возрождение в объятиях Шлей-ермахера — все эти недавно расцветшие ветви были внезапно и безжалостно обрублены со ствола его живой души, на всю жизнь оставив его один на один с мучительными фантазиями, вращавшимися вокруг вопросов, на которые ему не суждено было ответить и героических задач, которые ему уже не суждено было разрешить.
В 1821 г. высланный из Пруссии, не имеющий возможности работать в большинстве германских земель ввиду наличия криминальной статьи, Карл Юнг бежал в Париж — столицу недавних угнетателей немецкого народа. Это могло бы выглядеть как абсолютная капитуляция, однако данному отступлению в самое сердце его врага и вступлению на путь отрицания всех своих представлений о том, кем он был и хотел бы быть, суждено было принести неожиданные плоды. Юнг умерил свой народнический романтизм и националистический активизм и перенаправил свое внимание и витальность на медицинскую практику. Религиозное рвение неофита, переполнявшее его в Берлине, в римско-католической Франции пришлось поневоле отставить на задний план. Он женился на француженке, научился быть более политически осмотрительным. Место народнического утопизма заняли карьера и дом.
В Париже ему посчастливилось встретиться с Александром фон Гумбольдтом, по известности являвшимся в те времена вторым после Гете научным мужем Германии[31]. На Гумбольдта молодой врач произвел хорошее впечатление и по его рекомендации Юнг получил должность хирурга в знаменитом Hotel Dieu. В 1822 г. Гумбольдт написал для Юнга рекомендательное письмо на медицинский факультет Базельского университета в Швейцарии, куда тот прибыл, чтобы получить кафедру хирургии, анатомии и акушерства, а потом за один год прошел путь от доцента до ординарного профессора.
Должность, полученная Юнгом, была отнюдь не самой престижной в Европе. С 1806 по 1814 гг. Базельский университет выпустил лишь одного доктора по медицине. В течение многих лет здесь на медицинском факультете был лишь один преподаватель, лекции часто читались для единственного студента по медицине и нескольких цирюльников, нуждавшихся в очень кратком курсе по кровопусканию, стрижке ногтей и стрижке волос. К чести своей, Юнг преуспел в модернизации медицинского образования и исследовательской работы в данном заведении, и его многолетняя популярность в Базеле была следствием этих пионерских усилий. В 1828 г. Юнг был назначен ректором университета. Для Базеля он стал легендарной фигурой, и многие знавшие старого Профессора Доктора Карла. Юнга были свидетелями того, как в этом же городе рос и-получал медицинское образование в университете ( в конце 1890-х) его внук.