Корабль действительно делал получасовую остановку на траверзе Балаклавы, для того чтобы попытаться принять на борт военнослужащих и имущество Базового лазарета ЧФ в Балаклаве. Следует отметить, что среди погибших на «Армении» военнослужащих Балаклавского базового лазарета нет. Они остались в Севастополе.
Если обратить внимание на погоду, то в сводках погоды указано волнение моря 3—5 баллов. При таком волнении в полной темноте на борт корабля со шлюпки принять ничего невозможно. Немецкие метеорологи в документах 11-й армии дают те же сводки погоды. Объективно говоря, задержка в районе Балаклавы была лишь незначительным эпизодом, почти не повлиявшим на график движения транспорта, так как в районе 2 часов транспорт вышел в квадрат 338 и встал на якорь.
Квадратом 338 именуется точка отстоя судов, ожидающих разрешение на вход в Ялтинский порт. В чем причина постановки транспорта на якорь? Ответ прост: если рассматривать картину целиком. Длина причальной стенки Ялтинского порта, построенная А.Л. Бертье-Делагардом в 1892 году для судов, имеющих осадку более 5 м, составляла всего 216 м. После начала войны Ялтинский порт был перекрыт бонно-сетевым заграждением, протянувшимся от маяка до Ялтинской набережной, что затрудняло маневр при входе в гавань.
К моменту подхода транспорта к Ялтинскому порту его причальная линия была полностью занята. Из Севастополя в Ялту были направлены эсминцы «Бойкий» (командир – капитан-лейтенант Г.Ф. Годлевский) и «Безупречный» (командир – капитан-лейтенант П.М. Буряк) с задачей доставки 3-го и 4-го батальонов 8-й бригады морской пехоты из Ялты в Севастополь. Все причалы были заняты. Освободились они лишь около 4:30 утра. И спустя полчаса, в 5 утра, «Армения» ошвартовалась для погрузки. На борт был принят персонал Ялтинского госпиталя, который в литературе обычно называют персоналом санатория ВЦСПС. По некоторым данным, были приняты также раненые и документы Ялтинского горкома партии.
Ялтинский порт, так же как и Севастопольский, являлся режимным объектом, доступ на который был ограничен. Ответственность за охрану объектов несла военная комендатура города Ялты, сформированная на базе штаба 2-й кавалерийской дивизии, во главе с полковником П.Г. Новиковым. В соответствии с требованиями уставов у трапа военного транспорта был выставлен караул. При посадке вахтенный проверял документы и посадочные талоны.
В 8 утра, когда комендатура Ялты убыла в Севастополь82, охрана объектов была ослаблена (в 6—7 утра она была снята). И в Ялтинский порт начали проникать люди, не имевшие соответствующих документов, в связи с чем возникла конфликтная ситуация у трапа транспорта. Возможно, именно в этот момент, помимо штатных пассажиров, на борт попали и «нештатные». Но численность пассажиров, принятых на борт, указываемая во всех источниках, явно завышена.