Сам Стемпковский не отрицает своей виновности, хотя не признает ее в тех размерах, в каких на нее имеются указания в делах следственной комиссии, и в оправдание свое он приводит то, что когда, в начале беспорядков, его хотели заставить принять в них участие, то он заявил об этом начальству, прося защитить его от угроз зачинщиков, но, не найдя у правительственных властей защиты, он из чувства самосохранения должен был исполнять приказания тайного революционного комитета.
В настоящее время Стемпковский достиг среднего возраста, женат, имеет троих детей и собственным трудом создал себе состояние, обеспечивающее безбедное существование его с семейством.
Он обращается к монаршему милосердию, просит предать забвению его прежние преступления, обещает за себя и за детей своих не уклоняться от долга верноподданного и продолжать оказывать правительству те услуги, которыми он в течение восьми лет старался, даже с опасностью для себя, искупить ошибки своей молодости. Участь Стемпковского повергается на всемилостивейшее воззрение вашего императорского величества».
От представления этого доклада Александру II шеф жандармов граф П. А. Шувалов воздержался. Среди высших чинов отделения обнаружились разногласия. Прикосновенные к агентуре воздавали должное заслугам Стемпковского в деле поимки Нечаева и полагали, что смертная казнь искупляется блистательным успехом агента. Другие же, в том числе, как это ни странно, сам П. А. Шувалов, держались иной точки зрения. Полное и реальное помилование такому человеку, повинному в тяжких политических преступлениях, по их мнению, не могло быть дано. Переговоры, поднятые по этому поводу в Петербурге, затянулись до начала февраля, когда (7 февраля) было решено «уведомить Стемпковского, что он будет помилован через год, если будет себя хорошо вести, но в Царство Польское нельзя будет вернуться раньше 2—3 лет после помилования».
Тем временем Стемпковского в Берне пытались убить. 4 (16) февраля 1873 г. князь Горчаков писал в Петербург:
«Вчера поляк Витольд Скржинский, кондитер, приехавший из Цюриха, сделал четыре револьверных выстрела в Стемпковского и его семью, в их квартире, но никого не ранил. Это месть комитета за Нечаева. Федеральные муниципальные власти города Берна в большом волнении; преступник скрылся. Начато строгое дознание. Из предосторожности, я немедленно разрешил Стемпковскому сдать в канцелярию его бумаги в запечатанном виде. Он умоляет графа Шувалова окончательно решить, будет ли ему дарована амнистия и паспорт для России. Его положение ненадежно. Ввиду того, что срок паспорта, выданного ему после ареста Нечаева федеральным швейцарским консулом, истекает через две недели, я прошу, по возможности, телеграфного ответа. Если Стемпковский получит просимые им милости, он останется в Швейцарии так долго, насколько позволит ему его положение