В эпоху Контрреформации возникает «вторая схоластика», интеллектуальное барокко, самый яркий философ которой – иезуит испанец Франсиско Суарес (1548–1617). Протестантизм утверждал, что только Бог может толковать «естественный закон», те правила, по которым существует мир, и потому мы как способные познавать только волю Бога как уже истолковавшую этот закон, но не сами правила, и потому спасение возможно только верой. Суарес заявил, что естественный закон не только толкуется, но и толкует, например, когда мы любим или ненавидим, мы не только выполняем или не выполняем заповедь, но и показываем, что в мире еще возможна любовь или каким-то образом возникает ненависть. Мы до некоторой степени выступаем режиссерами мира, и познаем тогда не только волю Бога, но и соответствие наших поступков воле Бога, а значит, и устройство вещей. Из этого следовал важнейший тезис Суареса: мы познаем не индивидуальные вещи и не общие понятия, а первичные различения, иначе говоря, возможность вещи отклоняться от ее собственного замысла, несоответствия. Например, какая-то вещь была задумана конечной во времени, а о ней продолжают помнить, или наоборот, какая-то вещь задумывалась как вечная, но под действием другой вещи слилась с третьей вещью. Из этих отклонений и можно вывести основные философские понятия, такие как индивидуальность или единство, а также рассмотреть время, память и другие понятия, которые мы сейчас относим к «экзистенциальным», касающимся существования, а не сущности. Мысль Суареса повлияла в XX веке на позицию Мартина Хайдеггера, в молодости много им занимавшегося, что экзистенциальное различение предшествует логическому отождествлению вещей, а через Хайдеггера – и на всю континентальную философию, например на такого экзистенциалиста, как Жан-Поль Сартр.
Контрреформация создала и свою политологию, в сердцевине которой лежал старый тезис Августина, что в основании любого земного государства лежит какое-то учредительное преступление, война или жертвоприношение. Значит, только церковь есть тот институт, в котором невозможны узурпации, потому что возможно самоотречение, причем двоякое: римский папа, восходя на престол, отрекается от прежней жизни и даже от своего прежнего имени, и он же может, если что, отречься от престола, в отличие от королей, уже участвующих в событиях и потому не способных отречься – даже если король в разгар битвы всё бросит и убежит в лес, он всё равно будет считаться королём и рассматриваться в таком качестве, и ему будут приписывать удачи и неудачи битвы. Здесь контрреформация перенесла на реальную политику то, что до этого было только в риторике: героизм властителя не может быть только отменен, а может иметь только красивое завершение в предсмертной убедительной речи, объясняющей все удачи и неудачи, и доблестной смерти. Этот тезис о невозможности узурпации в церкви в XX веке оспорила Ханна Арендт, обратив внимание на то, что понимание Августином предопределения не политическое, а духовное. Поэтому духовное предопределение к спасению или гибели ни в одном случае не исключает политической добровольности действий, что Ромул или Тесей действуют, как считают нужным, и если римский папа тоже будет действовать, как считает нужным, а не как велит совесть, он будет таким же узурпатором.