Второй причиной раздоров среди протестантов стало обретенное ими свободомыслие. Традиционные религии не давали особенного простора выбора обычным верующим. Те должны были просто подчиняться священникам или епископам, управляющим Церковью. Заявив, что каждый имеет собственную совесть, и признав право верующих на личные взаимоотношения с Богом, Реформация разрушила такую авторитарность. Она отвергла идею, будто люди должны общаться с Богом только посредством официальных экспертов. Она верила в священство всех верующих, а не только тех, кто был рукоположен как преемник апостолов. Вот почему стало невозможно управлять протестантизмом из единого центра. Всегда находились бунтари, выступавшие против новых лидеров. И если их не слушали, они просто откалывались и основывали собственную ветвь веры.
Однако самой большой неудачей Реформаторских церквей было то, что они никогда не бросали вызов тому искажению христианства, которое началось с Константина, использовавшего против своих противников силу. Озарение Лютера открыло ему путь любви, но небеса вновь закрыли двери, и в своей борьбе с оппонентами Лютер был даже более жесток, чем худшие из них. Он никогда не отказывался бить лежачих, если те бросали вызов его авторитету.
Именно так он поступил, когда немецкие крестьяне, воодушевленные Реформаторским вызовом власти Церкви, задумались, почему бы им не освободиться от власти землевладельцев. Конечно, они не были рабами, но, по сути, находились не так далеко от этого положения. Они, по сути, были крепостными, сельскохозяйственными рабочими без прав и без возможности выбраться из нищеты. Они должны были изнемогать, работая на знать, живущую в великолепных дворцах и замках. Церковь одобряла такой порядок вещей, считая, что его благословил Бог. Как об этом будет сказано впоследствии в знаменитом гимне, «Богач в своем замке, бедняк у ворот, Бог создал одних великими, других нищими, и разделил их по сословиям». Крестьяне не желали мириться с этим. И Реформация дала им надежду. Если Церковь смогла измениться, то почему это не может сделать общество? Если Мартин Лютер сумел низвергнуть могущество Римской Церкви, то почему они не могут избавиться от власти германских землевладельцев?
Бунт, названный Крестьянской войной, длился всего один год – с 1524 по 1525. Власти, имея на своей стороне гневную и пламенную поддержку Лютера, подавили восстание, убив около 100 тысяч бунтовщиков. После чего банды линчевателей еще долго бродили по сельским местностям, убивая уцелевших крестьян и сжигая их жилища. Мы видим здесь еще один пример того, как навязчивое стремление религии к вечному спасению заменило попытки наладить жизнь на Земле. Вовлеченность Лютера в подавление Крестьянского восстания можно считать первым Крестовым походом протестантов. Будут и другие – обычно, протестантов против протестантов. Все изменилось. И, вместе с тем, осталось прежним.