Отец Исаия сам прошёл строгую школу полного послушания старцам и знал, что невозможно иноку научиться трезвению без частого откровения помыслов, поэтому при нём старчество особенно процветало в обители. При поступлении в Глинскую пустынь каждому назначался старец, которому ежедневно следовало открывать свои мысли и поступки, без благословения его ничего нельзя было предпринимать. Именно это делание возводило Глинских подвижников на высоту духовного совершенства, сохраняя преемственность древних иноческих традиций.
Под многоопытным руководством старца Исаии сформировался целый сонм духовных подвижников, и эта линия протянулась до середины XX века. По широте своего благотворного влияния на духовную жизнь в русской Церкви Глинская пустынь может быть поставлена в ряд с такими величайшими обителями, как Троице-Сергиева Лавра, Оптина пустынь и Киево-Печерская Лавра.
В 1906 году отец Исаия постригся в схиму с именем Иоанникий. С этого времени старец, хотя и оставался настоятелем большого монастыря, усилил свои подвиги и все ночи проводил в молитвенном бодрствовании.
В конце жизни святого старца Иоанникия постигла клевета, которой, несмотря на всю её очевидную ложность, поверили власть имущие, и в 1912 году преподобный Иоанникий был отстранён от должности настоятеля и удалён из обители.
При этом совершилось явное чудо. Когда схиархимандрит Иоанникий уходил из монастыря, вокруг Глинской пустыни был сильный весенний разлив рек, вода поднялась высоко, а старец вышел из обители, перекрестил воду и на глазах у всех пошёл по ней, как посуху. Так Господь прославил Своего угодника и всем открыл святость его жизни и несправедливость возведённых на него обвинений.
До недавних пор дальнейшая судьба подвижника считалась неизвестной, но теперь установлено, что отца Иоанникия приютила одна крестьянская семья, в доме которой он вёл жизнь затворника до конца своих дней. После кончины старец был погребён на братском кладбище Глинской пустыни.