Однако по мере накопления знания об органическом строении живого, начали возникать сомнения у тех мыслителей, которые видели единство всей живой природы, в том числе и человека. Это единство проявлялось не только по строениям внутренних органов, не только по крови, способам питания и рождения, но главное – по единому клеточному строению всех организмов. В 1838–1839 годах немецкие биологи Матиас Шлейден и Теодор Шванн, обобщив всю массу информации о клетке, сформулировали основное положение клеточной теории: клетка – единицы строения и жизнедеятельности всех живых организмов. Мысль о едином происхождении все живых существ, их эволюции от простейших до человека витала в умах многих, нужно было только её изложить и высказать.
Первым биологом, попытавшимся создать стройную теорию эволюции живого, был французский ученый Жан-Батист Ламарк (1744–1829), он и ввел термин биология. В 1809 году вышел его главный труд – книга «Философия зоологии», где он изложил свою теорию эволюции живого мира.
Французский зоолог Жорж Кювье (1769–1832), изучая древние ископаемые организмы (он основал палеонтологию), которые свидетельствовали о смене форм животного мира на Земле, объяснил эти факты теорией катастроф. Эта теория на несколько десятилетий получила всеобщее признание, поскольку согласовывалась с актом Творения.
Чарльз Дарвин (1809–1882) в молодости участвовал в кругосветном путешествии на корабле «Бигль», собрал большие запасы образцов, провел геологическое обследование Анд, выработал теорию образования коралловых рифов и через пять лет вернулся в Англию, где обрабатывал накопленный материал. Свою теорию он долго держал при себе, прекрасно понимая, какую бурю она вызовет. В 1859 году Дарвин выпустил книгу «Происхождение видов путем естественного отбора, или сохранение благоприятствующих пород в борьбе за жизнь».
Весь тираж книги – 1250 экземпляров разошелся за один день! С тех пор она постоянно пользуется спросом и постоянно вызывает споры. В «Происхождении видов» Дарвин лишь вскользь упоминает о происхождении человека, но из теории само собой напрашивается вывод о развитии человека, и это стало темой бурного обсуждения. В 1871 году он выпустил отдельную книгу «Происхождение человека и половой отбор» где недвусмысленно высказался о своём убеждении касательно нашего родства с приматами. Насмешек и возмущений не было предела, а один из друзей Дарвина, написав ему письмо, закончил его подписью: «Твой бывший друг, а теперь потомок обезьяны».
Дарвин был верующим, имел духовный сан, и свой основной труд заканчивает верой в первоначальное Творение: «Из свирепствующей среды природы, войны, из голода и смерти непосредственно вытекает самый высокий результат, который ум в состоянии себе представить, – образование высших форм животной жизни. Есть величие в этом воззрении, по которому жизнь, с её различными проявлениями, Творец первоначально вздохнул в одну или ограниченное число форм, и из такого простого начала возникли несметные формы, изумительно совершенные и прекрасные».