.
Впрочем, утопическим представлением, будто неопровержимость логических доказательств имеет свою силу и над властвующими особами, страдал далеко не один Худяков. Но царствующие всегда делали вид, что они знают нечто такое, чего не знают простые смертные и что побивает логику последних.
Четыре месяца велось следствие в комиссии. В конце концов Муравьев, рассчитывавший вначале раскрыть польские корни заговора и бросить тень на своих личных врагов из придворной знати и высшей бюрократии, убедился, что так далеко ему пойти не позволят, и утратил интерес к делу. К этому прибавилось еще и то, что не удавалось ни от кого из обвиняемых получить прямых признаний в соучастии с Каракозовым.
Не смог Муравьев добиться и того, чтобы дело слушалось по старым судебным уставам, то есть так же, как велось следствие. Новые судебные уставы, утвержденные царем, неловко было сразу же и нарушать перед лицом Европы. Для слушания дела был назначен верховный уголовный суд. Возглавлять его полагалось председателю Государственного совета, им был великий князь Константин Николаевич. Но так как его имя фигурировало в деле в связи с «константиновской партией», к тому же он был братом царя, а суд должен судить цареубийцу, то было сочтено неудобным предоставить ему председательское кресло в суде. Князь П. П. Гагарин был поэтому назначен вице-председателем Государственного совета, а потому и председателем суда.
Материалы следствия во второй половине июля были пересланы министру юстиции Д. Н. Замятнину. На суде он выступал в качестве государственного прокурора. Теперь Муравьев торопился. Следствие фактически не было закончено, оно продолжалось и после открытия судебных заседаний, когда Муравьеву приходилось просить у Гагарина разрешения для дополнительных допросов то одного, то другого подсудимого «по вновь открывшимся обстоятельствам». В Московской следственной комиссии следствие еще было в самом разгаре, его наспех сворачивали. Также наспех было составлено обвинительное заключение и передано суду 34 человека. Судьба остальных решалась административным порядком — ссылкой, отдачей под полицейское наблюдение и т. д.
Подсудимым разрешалось выбирать себе адвокатов. Худяков остановился на В. П. Гаевском, либеральном деятеле и литераторе. Однако ни один из защитников не мог за неделю, оставшуюся до суда, ознакомиться полностью со следственными материалами, которые насчитывали несколько тысяч листов.
18 августа 1866 года начался суд над Каракозовым, Худяковым, Ишутиным, Странденом, Юрасовым, Загибаловым, Мотковым, Шагановым, Николаевым и Кобылиным. Но приговор был вынесен только двоим: Каракозову — смертная казнь через повешение и Кобылину — оправдательный приговор за отсутствием юридических доказательств.