Фультон с жаром принимается за проект подводной лодки и постройку усовершенствованной мины. В начале октября 1798 года правительственная комиссия произвела на Сене испытание модели фультоновской мины и полностью одобрила изобретение. Задача состояла в том, чтобы подобраться к атакуемому судну и взорвать его при помощи ящика с порохом, незаметно прикрепив его ко дну корабля.
Такой подводной мине Фультон дал название торпеды.
Ободренный благоприятным отзывом правительственной комиссии, Фультон решил обратиться к Директории с ходатайством о поддержке — его скромные личные средства приходили к концу.
Началась длительная бюрократическая переписка между ведомствами. Комиссия специалистов военного министерства нашла предложенный ей проект подводной лодки неисполнимым. Напрасно старался Фультон добиться от министерских чиновников определенных указаний, что именно считают они неудачным в его смелом проекте. В ответ он получал лишь самые общие фразы. Здесь, наверно, помогла бы хорошая взятка, но Фультон не хотел добиваться успеха такими путями. Даже его энергия и настойчивость не могли одолеть тупоумие и алчность чиновников Директории. Две попытки предложить Директории начать сооружение подводного судна кончились неудачей.
Фультон попробовал заинтересовать другими своими проектами Голландию, носившую с 1795 года название «Батавской республики». Голландия — классическая страна шлюзов и каналов. От исправного состояния дамб и каналов зависят жизнь и благосостояние ее жителей. Дамбы защищают низкие береговые места от морских наводнений, а по каналам идет почти весь транспорт Голландии.
«Дешевые каналы и шлюзы моей новой системы, — думал Фультон, — должны найти применение в этой стране».
Тем сильнее было его разочарование, когда и там он встретил обстановку не лучше парижской.
Но Фультон не сдавался. При поддержке Барлоу он решил начать строить модель подводного судна. Знание механики и годы технической учебы на бирмингамских заводах сослужили Фультону хорошую службу. Во дворе американского посольства закипела необычайная работа. Фультон при помощи двух рабочих целыми днями строгал, пилил, сверлил, обтачивал и ковал. Идея подводной лодки постепенно превращалась в реальность. Фультон решил разбить недоверие к новому оружию морского боя наглядным показом модели своего подводного корабля.
Работа по постройке «Наутилуса» стала быстро подвигаться вперед. Летом 1799 года модель подводной лодки была наполовину готова. Однако с морским министерством дело не двинулось ни на шаг. В конце года произошло событие, которое вывело Фультона из его безразличия к политическим событиям.