Немало населения умерло от голода, погибло в изнурительной борьбе с различными моровыми поветриями, в неравных схватках со своими и иноземными грабителями и насильниками. Многие снимались с насиженных мест и бежали, куда глаза глядят. Не только отдельные деревни и поместья, но даже целые погосты к середине 80-х оставались пустыми.
А тут еще на целых три года (1586 — 88 гг.) Новгородскую землю охватили студеные зимы, возвраты холодов весной, снегопады в мае. И как следствие — неурожаи и голод. Заброшенные земли зарастали бурьяном и мелколесьем. Хоромы, избы, хозяйственные постройки разваливались. В междуречье Шелони и Ловати не осталось и пятой части населения.
Правительство Годунова принимало энергичные меры: ввело для свободных земледельцев “десятинную пашню”, вспахиваемую “на государя”; провело опись земли, чтобы узнать истинное экономическое состояние; отменило так называемый “Юрьев день” ухода от помещиков, а позднее установило пятилетний срок сыска беглых крестьян. Хозяйственная жизнь страны постепенно налаживалась. Однако до гражданского спокойствия и хозяйственного подъема было еще далеко, когда событие в Угличе чрезвычайно накалило обстановку. В конечном итоге, вместе с другими факторами, это вылилось в кровавые потрясения начала XVII столетия, захватившие и Околорусье.
1591 г. 15 мая в Угличе трагически погиб восьмилетний Дмитрий Иванович. Сбежавшийся по набату народ, в приступе гнева убил людей, надзиравших над сосланными. “Следствие, — по словам Н. И. Костомарова, — было произведено бессовестным образом. Осмотра тела не делали, царицу-мать не спрашивали”. Более того: все Нагие вскоре были сосланы, а царица Мария насильно пострижена и увезена в монастырь в районе Череповца.
Народ не верил официальному докладу: одни говорили, что царевич убит по приказу Годунова с целью устранения претендента на престол, другие — что ему удалось спастись, а погиб совсем другой мальчик. Этим позднее воспользовалась Польша, выдвинув одного самозванца, а затем поддержав и второго.
Между тем феодальный гнет все усиливался, развивалась кабальная зависимость. Гонимые нуждой и голодом, сельские и городские жители в присутствии чиновников давали долговые обязательства, заносимые в специальные книги. Теперь они могли уйти с господского двора только после выплаты долга. Однако вскоре они были лишены и этого права, а на случай, если придется объявлять розыск, стали указывать и приметы людей: рост, сложение, форму носа, цвет глаз и волос.
Так, на одной из страниц губные старосты Шелонской пятины Головин и Якимов писали: “крестьянин Василий Андреев с женою Улитою и сыновьями — Демидком, Наумом и Гришкою”. Старший заявил, что “люди вольные, не служивали ни у кого и кабал на себя не давали никому”. Через несколько дней они же оформили сразу три, а затем четыре обязательства, в том числе на трех вдов.