Ему полюбился Петровско-Разумовский парк и дом, предоставленный ему академией; когда он устроился в нем, то купил большой концертный рояль, о котором мечтал всю жизнь; потом фисгармонию. Вечерами музицировал, и студенты собирались под окнами слушать. Выходит в свет его учебник кристаллографии — в своем роде уникальный, поскольку все разделы построены на результатах собственных авторских исследований. Евграф Степанович увлекается кристаллохимическими анализами; он создает новую научную дисциплину: кристаллохимию.
В конце ноября 1900 года четверо академиков во главе с Карпинским, учитывая освободившуюся вакансию, обратились с запиской в Академию наук: «Мы при настоящих обстоятельствах не считаем возможным сделать какие-либо представления о замещении вакансии по минералогии, не остановившись прежде всего на профессоре Федорове... Без преувеличения можно сказать, что не существует лица, занимающегося минералогическими и петрографическими вопросами, которому бы идеи г-на Федорова и предложенные им методы были неизвестны». Такой рекомендации вполне достаточно, и 13 декабря Федоров единогласно избирается в академию на степень адъюнкта.
Что ж, мечта сбылась? Он в академии. Восемь лет назад это сделало бы его счастливым.
Избрание в академию связано по статуту с переездом в Петербург. Его извещают, что будут предоставлены квартира, содержание, лаборатория. Все это у него есть и здесь! Он медлит, колеблется. Пишет письмо президенту. В письме ставит вопрос об организации Минералогического института — предложение новое по тому времени, назревшее. Чтобы осуществить его, понадобится, по его подсчетам, не меньше двух лет. «Раньше же этого срока... я не имею возможности переехать по семейным обстоятельствам».
Академики настаивают. Недоумевают: такого еще не бывало, чтобы новоизбранный медлил влиться в их ряды. В конце концов, быть может не без влияния Карпинского, Федорова оставляют в покое; ему разрешают посещать собрания академии нерегулярно, что являлось, вообще говоря, нарушением устава.
22 сентября 1904 года Карпинский, по-видимому, желая закрепить формально существующее положение, выступил на заседании физико-математического отделения. Протокол гласит: «Положено возбудить ходатайство о разрешении г.Федорову проживать в Москве с сохранением ему содержания от Академии...»
Но Федоров так привык к своей подозрительности по отношению к Карпинскому, что и здесь ему мерещится что-то недоброе. Какая-то, пишет он, «дьявольская интрига». Утром следующего дня он посылает в Петербург письмо и не просто отказывается от вознаграждения (что мог бы сделать, никого не обижая) — он обвиняет авторов проекта в намерении запятнать его имя!