При прощании он передал царице святой образок с колокольчиком; по его словам, колокольчик начинал сам звонить, если к царской чете приближался плохой человек. Кроме того, Филипп оставил предсказание, которое в дальнейшем имело крупные последствия: он заявил, что Бог пошлет императрице нового «друга» и тот будет верно охранять ее от всех бед.
Вскоре после возвращения во Францию Филипп умер, не последнюю роль сыграло его удаление из России, так как после прекрасных дней, проведенных в Царском Селе, он не смог привыкнуть к простому народному окружению на родине. Хотя его последователи утверждали, что он вовсе не умер, а после исполнения своей земной миссии в живом воплощении вознесся на Небо.
Православное духовенство при дворе с самого начала недружелюбно относилось к появлению и влиянию иностранного чудотворца Филиппа. Теперь, после ухода француза, казалось, настал момент снова подчинить своей власти царствующую чету. Придворное духовенство, в частности отец Феофан, который чаще других жаловался на отдаление царя и царицы от православной Церкви и подпадание под влияние дьявольской западноевропейской ереси, считал необходимым возвращение государя в родную веру.
Отец Феофан вспомнил о давно умершем истинно русском чудотворце, который только из-за недопустимой небрежности до сих пор не был признан святым. Это был монах Серафим Саровский, еще в начале девятнадцатого столетия сделавший важные предсказания; отец Феофан уговорил царя осуществить канонизацию Серафима и этим богоугодным делом заслужить благоволение Небесных сил. Под влиянием своей супруги царь загорелся этой идеей и с ревностным усердием занялся канонизацией Серафима Саровского, как если бы речь шла о важнейшем государственном деле.
Однако необходимо было преодолеть некоторые препятствия: самые уважаемые и влиятельные поборники православия высказывались против, и прежде всего обер-прокурор Победоносцев. Но, в конце концов, сторонники царя проявили максимум энергии, и однажды во время завтрака им удалось преодолеть сомнения Победоносцева.
30 июля 1903 года в пышной и торжественной обстановке в присутствии царской четы совершилась канонизация Серафима. Вечером того же дня в честь императора состоялся обед, в котором приняли участие высшее духовенство, большое количество государственных сановников, князья и чиновники, которые по поводу этого события приехали в Саров со всех концов страны, надеясь, что присутствие на этом торжестве послужит их карьере.
Когда наступила ночь, красные пятна на щеках царицы, свидетельствовавшие о сильном возбуждении, стали еще заметнее. Грудь ее тяжело вздымалась, глаза беспокойно блестели. Около полуночи она вдруг вышла из-за стола и направилась в сад.