Паруса его эскадры с Мальты заметили лишь 5 сентября.
Семьдесят три дня крепость де ла Валетты выдерживала артиллерийскую бомбардировку, уже разбившую вдребезги форт Сент-Эльмо. С высот позади города турки вели огонь прямой наводкой по улицам, пока их военные строители обеспечивали пути подхода к стенам крепости. «Бомбардировки производились, — повествует Ноллес, — с четырнадцати позиций. По городу били семьдесят больших орудий, включая три особенно мощных василиска. Турки окружили город линиями бастионов, траншей и высот, с которых день и ночь беспрерывно обстреливали городские кварталы и замки Сент-Мишель, Сент-Анжело. Они разрушили стены города и другие фортификационные сооружения, а жилые дома довели до такого ужасного состояния, что внутри них вряд ли осталась хоть одна живая душа».
Военные строители Мустафа-паши подвели дорогу к одному из фортов. Хасан, сын Барбароссы и, как отец, бейлербей Алжира, предложил перетащить галеры по суше в бухту позади фортов и атаковать их с моря. Затея обернулась полной потерей экипажей галер. Суда были потоплены или оставлены дрейфовать, их команды не имели возможности отойти. Турок рыцари в плен не брали.
Салих Раис, сын капитана, помогавшего в свое время Барбароссе, совершил внезапный налет с небольшим отрядом. В затишье отряд подкрался к бастиону. Пять защитников, спавших в развалинах бастиона, проснулись и сумели отбить атаку турок до подхода рыцарей.
Турецкие пловцы, прихватив с собой топоры, попытались подобраться к цепи, перекрывавшей вход во внутреннюю бухту, и перерубить ее. Однако встретили мальтийских пловцов с ножами в зубах.
Каменистая почва не позволяла рыть шурфы для подрыва стен крепости. Но по приказу сераскера у стены одного бастиона была выдолблена шахта для взрывного устройства. Его взрыв повредил стену. Немедленная атака турок через воронку была сорвана защитниками бастиона, устроившими засаду. Прокладка тоннелей сквозь каменистую почву производила много шума, защитники крепости вовремя определяли направление тоннеля и создавали на его пути новые укрепления.
И все же Мустафа-паша, не считаясь с потерями, знал, что каждый бой понемногу ослаблял рыцарей. В конце августа была произведена серия подрывов стен крепости и сераскер сам возглавил штурмующие колонны в золоченых доспехах. Однако атакующие не смогли пробиться через проломы. Сераскер с солдатами был отброшен в воронку от взорванного боезаряда. Там они до наступления темноты отбивали вылазки христиан и только ночью отползли к своим траншеям.
После этого штурма помощники де ла Валетты подсчитали потери. Больше у рыцарей не было сил, чтобы держать оборону по всему периметру крепости. Было высказано предложение переместить священные реликвии, личные ценности рыцарей и остатки запасов продовольствия в замок Сент-Анжело и подготовить эвакуацию всего этого оттуда.