Вена тогда была столицей эрцгерцогства Фердинанда, который благоразумно из нее уехал. Его брат, император Карл, также находился далеко — в Италии, послав в Вену отряд численностью всего лишь в семьсот всадников. Конклав в Шпиресе назначил некоего Электора Палантина командующим венского гарнизона, о котором с тех пор почти ничего не было слышно.
Военачальниками, действительно руководившими обороной города, были опытный маршал Австрии Виллиан фон Рогендорф и капитан Николас граф Зальм, ветеран битвы при Павии. Они мобилизовали боеспособные силы численностью в шестнадцать тысяч человек, в основном профессиональных солдат. Защитники Вены располагали также отрядами испанцев и рыцарей-добровольцев. Кроме того, действовали бригады бюргеров, предназначенные для тушения пожаров и восстановления разрушенных укреплений. Городская стена была укреплена с внутренней стороны земляным валом. Все лодки вдоль берега Дуная были затоплены, мосты подготовлены для подрыва.
В Вене Сулейман впервые столкнулся с хорошо вооруженной, дисциплинированной христианской армией под командованием германских военачальников. Войска султана быстро приступили к боевым действиям. 23 сентября турецкая кавалерия начала атаки на передовые позиции христиан. К 26 сентября основные силы турецкой армии расположились напротив южной стены города. Кавалерия укрылась в лесном массиве Винер (у речушки Винер). Ставка Сулеймана разместилась сразу же позади военного лагеря сераскера напротив ворот Кертнертор.
27 сентября по Дунаю прибыла к Вене первая группа турецких кораблей, подвергнувшись во время перехода сильному обстрелу австрийцев у Прессбурга. Корабли были использованы для того, чтобы прервать сообщение между городом и северным берегом реки. Далее к северу подходили австрийские подкрепления, но до них было еще значительно" расстояние. Между тем легкая турецкая кавалерия проносилась галопом по Нижней Австрии.
К этому времени граф Зальм и Рогендорф укрыли все свои войска за городской стеной. Но они не собирались отсиживаться там. Тогда же или вскоре после этого Сулейман узнал из сообщения пленного, что Фердинанда нет в Вене. Впрочем, султан не был уверен в этом.
Турки направили австрийцам послание следующего содержания: «Через три дня мы позавтракаем за вашими стенами».
С приходом основных сил турки начали рыть траншеи у крепостной стены, а артиллеристы устанавливать на позициях орудия. Командование осажденных войск, удивленное, что город не блокирован полностью, поскольку турки расположились лагерем только к югу, решило совершить вылазки и уничтожить турецкие осадные позиции.