Обучение было закончено 22 сентября 1941 года, и в этот же день легион был отправлен в Советский Союз, куда он прибыл 30 сентября. Легион имел официальное военное обозначение: «23.Minesuch-Fiottilla». Хорватские моряки носили униформу кригсмарине с отличительной нашивкой на левой руке.
В конце сентября 1941 года легион был размещен в городе Геническ. Вскоре после этого город был тщательно укреплен, а вдоль береговой линии расставлены патрули. Сообщения этого периода указывают на то, что хорватские моряки с нетерпением ждали начала боевых действий.
Нападение на Геническ в конце 1941 года Красной Армией было подавлено благодаря вмешательству сил люфтваффе. В то время в городе находились только хорватский легион, группа румынской кавалерии и небольшой немецкий гарнизон. Зиму легионеры пережили в вырытых утепленных бункерах. В течение этого периода капитан легиона Врклян вместе с немецкой командой инспектировал прилегающие к городу области. Во время советского нападения инспекционная команда сражалась в качестве пехотной силы в городе Феодосия. В продолжение долгих, холодных, скучных зимних месяцев Красная Армия пыталась морально подавить легионеров, периодически сбрасывая с воздуха пропагандистские листовки. Накануне Рождества в листовках сообщалось, что если солдаты не хотят испортить себе праздник, то им следует сдаться. Все эти листовки заканчивались словами: «Да здравствует Советский Союз! Гитлер капут!» Хорватские легионеры использовали листовки в своих печах.
В начале апреля 1942 года, когда лед в гавани Геническа начал подтаивать, хорваты стали готовиться покинуть город.
К середине апреля почти весь лед растаял, так что хорватские суда смогли уже выходить в море. У входа в гавань для защиты от возможного советского нападения были расставлены мины, однако в результате несчастных случаев на них подорвались сами же хорваты: во время расстановки мин 2 судна было подорвано, погибли 25 человек. 25 мая 1942 года хорватская военно-морская флотилия покинула Геническ.
В августе 1942 года легион прибыл в Мариуполь. На вооружении легиона в то время находился 31 катер, 35 моторных лодок и еще несколько небольших судов. Включая захваченное советское судно «Товарищ», силу легиона составляло около 130 судов. В подчинении командующего легиона, помимо хорватов, находились также 200 немецких моряков, которые вошли в состав легиона. Немецким контингентом командовал Энсин Плауц. Интересно отметить, что во время нахождения в Крыму, на Азовском и Черном море, хорватам удалось завербовать в свои ряды несколько советских моряков украинской национальности.