В течение 1942 года центр народно-освободительной борьбы в Югославии переместился на территорию Хорватии. В январе 1943 года из-за активности коммунистических партизан ситуация в стране стала настолько критической, что было принято решение отправить 369-ю дивизию не на Восточный фронт, а на Балканы. По прибытии в Хорватию она имела в своем составе около 14 000 солдат и офицеров.
Первая операция, в которой дивизия приняла участие, называлась «Weiss» – в Северной Боснии. Это кампания иногда упоминается как сражение у реки Неретва. Начавшаяся 20 января 1943 года и продолжавшаяся до конца марта того же года, эта операция стала тактической победой для оси, но не была в состоянии полностью уничтожить партизанское движение. Дивизия хорошо сражалась на участке южнее Сисак-Костаньицы через Приедор к Боснийскому Петровачу, где соединилась с дивизией СС «Принц Евгений».
После этого первого сражения 369-я дивизия была переброшена в район операции, который протягивался от Карловаца на западе – к реке Дрина, разделяющей Сербию и Хорватию, и от хорватского Адриатического побережья на юге – к реке Сава на севере. Большинство же боевых действий велось в районе между городами Сараево и Мостар.
Следующая важная операция – под названием «Schwarz», – в которой участвовала 369-я дивизия, была проведена в мае 1943 года. Крупное партизанское соединение, насчитывающее 4 дивизиона и 2 бригады, было окружено на границе Боснии и Черногории. Партизаны совершили несколько попыток прорыва и все-таки сумели вырваться из окружения у города Фока на реке Сутеска. Двигаясь в северо-западном направлении, три партизанских дивизиона наткнулись на силы 369-й дивизии около города Балиновач. Последовало тяжелое сражение, в результате которого партизанам удалось прорвать линию наступления и спастись. Потери были тяжелы с обеих сторон.
Убедившись в неспособности усташей противостоять партизанскому движению, германское командование во все возраставшей мере принимало на себя функции по руководству вооруженными силами «Независимого Государства Хорватия». Стали формироваться части и соединения, состоявшие либо из «фольксдойче» (местных немцев), либо из хорватов под руководством немецких офицеров. Расширилось сотрудничество с четниками, окончательно ставшими на путь коллаборационизма. Потребовалась также и переброска на югославский театр военных действий частей вермахта из других стран Европы. Однако ни мобилизация всех сил, ни крупные военные операции против партизан под руководством германского командования не увенчались успехом.