Для осуществления этих тайных замыслов, Цезарь прежде всего задумал отделаться от брата и занять его место. Он пригласил герцога Гандийского к себе на ужин, а на другое утро того нашли на берегу Тибра девять раз пронзенным шпагой. Виновником этой трагической гибели герцога Гандийского народная молва назвала Цезаря, и это тем более вероятно, что Цезарь после этого занял место брата и сбросил с себя ненавистное ему духовное звание.
Тогда перед Цезарем открылась широкая дорога. Став во главе папского войска, он сразу показал себя умным, талантливым полководцем, сумев к тому же заключить союз с французами. За эти политические и военные доблести папа дал ему герцогство Романья.
Став герцогом, Цезарь начертал себе грандиозный план. Вся Италия в то время разделялась на мелкие республики и королевства, и Цезарь решил объединить отдельные государства под своим владычеством. Он задумал то, что осуществилось лишь двести пятьдесят лет спустя при короле Викторе Эммануиле. С этой целью он начал уничтожать представителей родового дворянства, которое имело огромное влияние в феодальных государствах Италии и в самом Риме, а также пользовался каждой междоусобицей, чтобы вмешаться во внутренние дела отдельных итальянских республик.
Для достижения своих замыслов, Цезарь не брезговал и не отступал ни перед какими средствами. Кинжал, яд, открытая война – все применялось им.
Два могущественных римских рода – Орсини и Колонна – благодаря взаимному соперничеству, продолжавшемуся в течение нескольких поколений, были враждебны друг другу. Цезарь с помощью первых изгнал Колонна из страны и конфисковал все их имущество. Затем в двух ужасных походах, отличавшихся вероломством и предательством, он сломил могущество почти всех значительных родов в Романье. Тем временем Александр подавил мятежный дух церкви изгнанием, свержением или смертью значительного числа кардиналов, восставших против его тирании из-за неудовольствия, возбужденного неисполнением папой своих обещаний, благодаря которым, он попал на папский престол.
Уничтожая таким образом могущество дворянства, Цезарь приобрел, если не любовь, то по крайней мере, расположение народных масс, вводя вместо неограниченного произвола их бывших правителей правление, которое, несмотря на свой гнет, было все же лучше по сравнению с прежним. Таким образом, поддерживаемый французами, Цезарь довольно удачно шел к намеченной цели. Но Орсини и другие могущественные Дворянские фамилии пришли в конце концов к убеждению, что, заключив с ним союз против своих врагов, они тем самым стали орудием своей собственной гибели. Признаки неудовольствия умножались с каждым днем, и, когда союзники Цезаря, французы, потерпели в Ломбардии поражение, против него образовался открытый союз.