Когда эскадра Ушакова достигла Босфора, было получено сообщение от русского посланника в Константинополе о том, что турецкое правительство срочно ожидает эскадру.
К адмиралу Ушакову прибыли представители Порты. Они «спрашивали и просили моего мнения, совета и объяснения, - писал Ф. Ф. Ушаков, - какой бы лучший план избрать о действиях против французов в Архипелаге, Венецианском заливе и в Александрии;.. Совместно с английским послом начались переговоры о предстоящих действиях союзных флотов в Средиземном море. В результате переговоров было решено, что эскадра Ушакова пойдет к западному побережью Балканского полуострова, где ее основной задачей будет освобождение- Ионических островов от французских войск.
Для совместных действий с русской эскадрой из состава турецкого флота выделялась эскадра турецких кораблей под флагом вице-адмирала Кадыр-бея, который поступал под командование Ф. Ф. Ушакова. Турецкому адмиралу, как писал русский посланник в Константинополе, «от Порты внушено именем султана почитать нашего вице-адмирала ико учителя». Порта брала на себя обязанность обеспечивать русскую эскадру всем материальным снабжением. Местным турецким властям предписывалось выполнять требования Ушакова.
У Дарданелл русская эскадра соединилась с кораблями Кадыр-бея. Из состава объединенной эскадры Ушаков выделил 4 фрегата и 10 канонерских лодок, которые под командованием капитана 1-го ранга А. А. Сорокина направились к Александрии для блокады французских войск; этим самым оказывалась помощь английскому флоту адмирала Нельсона, большинство кораблей которого были сильно повреждены в Абукирском сражении и ремонтировались в Сицилии.
20 сентября эскадра Ф. Ф. Ушакова вышла из Дарданелл к Ионическим островам.
Освобождение Ионических островов началось с острова Цери-го. Когда русские корабли приблизились к нему, французские войска укрылись в крепости Капсали. Вечером 30 сентября адмирал Ушаков послал парламентера, чтобы «предупредительно требовать от коменданта сдачи крепости». Но от французского командования последовал ответ: «Крепость до последней крайности ни под каким видом сдана не будет». На рассвете 1 октября началась бомбардировка вражеских позиций. С крепости было «с равной живостью ответетвовано». Разгорелась артиллерийская дуэль. Десантный отряд с кораблей был полностью подготовлен к атаке. Готовность войск к решительному штурму заставила французское командование прекратить сопротивление.
Когда вести о приходе эскадры Ф. Ф. Ушакова и освобождении острова Цериго облетели Ионические острова, местное население с энтузиазмом приветствовало эту первую победу над французскими оккупантами. Грабежи и насилия, чинимые ими, вызывали гнев и возмущение жителей, которые выражали полную готовность содействовать русским морякам в изгнании чужеземных войск с островов.