Однако, с другой стороны, именно высокая профессиональная подготовка, ум, огромный авторитет в армии, а следовательно, и определенная независимость в суждениях и поступках имели в глазах И. В. Сталина значение отрицательное. А. И. Егорову была прекрасно известна его роль во время гражданской войны, он знал, что И. В. Сталин плохо разбирается в военных вопросах. Мог ли тот при своем-то характере и планах стать «мудрейшим из мудрых», «великим стратегом — и полководцем», терпеть рядом высокопрофессиональных военных?
До поры Генсек держал начальника Генерального штаба как бы в тени, а когда счел время удобным, просто расправился с верхушкой военного руководства, ибо знал: пока эти люди живы и находятся на ключевых постах в армии, власть его над страной не может быть полной.
Начальником Генштаба стал командарм 1-го ранга Б. М. Шапошников. Необходимость общения с ним была вызвана резким обострением военно-политической обстановки, особенно во время советско-финляндской войны. В 1939 году И. В. Сталин вызывал Б. М. Шапошникова с докладами 54, а в 1940 году — 83 раза. Значительно реже приходилось бывать на приемах в Кремле заместителям Наркома обороны С. М. Буденному, М. Н. Тухачевскому, Г. И. Кулику. Зато частым гостем И. В. Сталина, начиная с 1937 года (после ареста Я. Б. Гамарника), становится новый начальник ГлавПУра РККА Л. З. Мехлис. С его появлением роль политорганов в армии резко возрастает.
Как известно, 30 декабря 1937 года Постановлением Советского правительства был создан самостоятельный Наркомат Военно-Морского флота. До этого времени ВМФ был представлен в Наркомате обороны Управлением морских сил РККА, начальником которого с 1931 по 1937 год был флагман 1-го ранга В. М. Орлов.
Первым наркомом ВМФ стал П. А. Смирнов. Вряд ли наличие двух наркоматов в составе Вооруженных Сил СССР можно считать наилучшим вариантом организационного строительства. В предвоенное время и в годы войны этот наркомат находился как бы в стороне от основных событий. Выше я уже писал, что И. В. Сталин практически игнорировал моряков, не интересовался их проблемами, считая, видимо (это было весьма модно в ту пору), что в эпоху бурного развития авиации громоздкие и уязвимые флоты являются фактически дорогостоящими мишенями для самолетов. И. В. Сталин достаточно часто принимал начальника Главного управления ВВС, командарма 2-го ранга А. И. Алксниса (Астрова) и других руководителей этого ведомства. Другие начальники Главных управлений Наркомата обороны бывали в Кремле только при принятии на вооружение образцов новой военной техники и оружия.