Личные дела помешали и Щепкину, и К. Аксакову исполнить просьбу Гоголя и встретить его на дороге в Россию. Он приехал один сначала на короткое время в Петербург, затем в Москву, где старые знакомые встретили его с прежним радушием. С. Т. Аксаков нашел в нем большую перемену за последние полтора года. Он похудел, побледнел, тихая покорность воле Божией слышна была в каждом его слове. Его веселость и проказливость в значительной степени исчезли; в разговорах его прорывался порой прежний юмор, но смех окружающих как будто тяготил его и быстро заставлял переменять тон разговора.
Издание первого тома «Мертвых душ» доставило Гоголю немало волнений и внутренних страданий. Московский цензурный комитет не разрешил печатанья поэмы; его смущало само заглавие ее «Мертвые души», когда известно, что душа бессмертна. Гоголь отправился в петербургский цензурный комитет и долго не знал, какая судьба постигнет ее, будет она пропущена или нет. Ему пришлось по этому поводу обращаться с просительными письмами к разным влиятельным лицам: к Плетневу, Виельгорским, Уварову, кн. Дондукову-Корсакову, даже через Смирнову посылать прошение на Высочайшее имя. Наконец в феврале он получил известие, что рукопись разрешена к печатанию. Новая беда! Несмотря на его письма и просьбы, рукопись не присылали в Москву, и никто не мог сообщить ему, где она находится. Зная, какое значение он придавал своему произведению, можно себе представить, как волновался Гоголь. Он беспрестанно наводил справки на почте, обращался с вопросами ко всем, кто мог указать ему, куда девалось его сокровище, считал его погибшим. Наконец в первых числах апреля 1842 года рукопись была получена. Петербургская цензура не нашла ничего подозрительного в том, что смутило московскую, только «Повесть о капитане Копейкине» оказалась сплошь зачеркнутой красными чернилами. Гоголь тотчас принялся переделывать ее и в то же время приступил к печатанью поэмы в количестве 2500 экземпляров.
Все эти тревоги и неприятности болезненно отзывались на здоровье Гоголя. Нервы его расшатались, холод русской зимы удручал его. «Голова моя, — писал он Плетневу, — страдает всячески: если в комнате холодно, мои мозговые нервы ноют и стынут, и вы не можете себе представить, какую муку чувствую я всякий раз, когда стараюсь в то время пересилить себя, взять власть над собою и заставить голову работать. Если же комната натоплена, тогда этот искусственный жар меня душит совершенно, малейшее напряжение производит в голове такое странное сгущение всего, как будто бы она хочет треснуть». В другом письме он так описывает свои болезненные припадки: «Болезнь моя выражается такими страшными припадками, каких никогда со мною еще не было, но страшнее всего мне показалось, когда я почувствовал то подступившее к сердцу волнение, которое всякий образ, пролетавший в мыслях, обращало в исполина, всякое незначительное приятное чувство превращало в такую страшную радость, какую не в силах вынести природа человека, и всякое сумрачное чувство претворяло в печаль тяжкую, мучительную печаль, и потом следовали обмороки, наконец, совершенно сомнамбулистическое состояние».