Сначала считалось, что царевич был заключен в Алексеевский равелин, который будто бы и назвали его именем. Но этого быть не могло, так как равелин начали строить только в 1733 году.
Петропавловская крепость погребла в своих мрачных казематах не одного царственного узника. Если с венценосными заключенными обходились так жестоко, то простым смертным приходилось еще хуже. В Петропавловской крепости сидел И. Посошков — один из выдающихся русских умов первой четверти XVIII века. Он был заключен сюда за свое сочинение «О скудости и богатстве», которое явилось целой программой переустройства русского общества. Но ведь «реформы исходят от трона», а подданные не смеют заниматься измышлением реформ, пусть бы они даже и были благожелательны для трона, как это было в случае с И. Посошковым — защитником абсолютной монархии.
А однажды чуть ли не через весь Петербург к Петропавловской крепости проследовала странная процессия, окруженная воинским караулом. Впереди тащилась деревенская кляча, запряженная в крестьянские сани, в которые была накидана солома. На ней полулежал в красной шубе на лисьем меху и в дорожной шапке поверх парика Остерман — бывший канцлер и сподвижник Петра I. За санями один за другим шли граф Головкин, барон Менгден, обер-гофмаршал Левенвольд и действительный статский советник Тимирязев. Перед Сенатом был устроен высокий эшафот, окруженный рядами войск, между которыми толпился народ. Так новая царица Елизавета Петровна сводила счеты с теми, кто окружал и защищал свергнутую ею правительницу Анну Леопольдовну и ее малолетнего сына — российского императора Иоанна Антоновича. Среди опальных был и фельдмаршал Б.-Х. Миних, который в свое время укреплял Петропавловскую крепость и возводил равелины.
Главнейшей государственной тюрьмой царской России долгое время был Алексеевский равелин, о жизни в котором не ведали даже те, кто служил в Петропавловской крепости. П.Е. Щеголев в своей книге «Алексеевский равелин» писал:
«Кто сидел там, этого не дано было знать не только чинам комендантского управления, но и тем, кто служил в этой самой тюрьме. Для заключения в эту наисекретнейшую тюрьму и для освобождения отсюда нужно было повеление царя. Вход сюда дозволялся коменданту крепости, шефу жандармов и управляющему III отделением. В камеру заключенных мог входить только смотритель и только со смотрителем кто-либо другой. Попадая в эту тюрьму, заключенные теряли свои фамилии и могли быть называемы только номером.
Когда заключенный умирал, то тело его ночью тайно переносили из тюрьмы в другие помещения крепости, чтобы не подумали, будто в этой тюрьме есть заключенные. Утром являлась полиция и забирала тело, а фамилию и имя умершему давали по наитию, какие придутся.» В одном из казематов Петропавловской крепости от злейшей чахотки умерла княжна Тараканова, которая даже перед кончиной, на исповеди, не открыла тайны своего происхождения.