В начале сентября 1790 года один из казематов Петропавловской крепости открылся для А. Радищева, преступление которого состояло в издании «Путешествия из Петербурга в Москву». Эта книга была наполнена самыми вредными умствованиями, разрушающими покой общественный; умаляющими должное ко власти уважение, стремящимися к тому, чтобы произвести в народе негодование противу начальства и начальников, и, наконец, оскорбительными и неистовыми изражениями противу сана и власти царской.
За столь преступное сочинение суд приговорил А.Н. Радищева к смертной казни, но Екатерина II смягчила приговор, и писатель был сослан в далекую Сибирь.
В октябре 1820 года в Петропавловскую крепость доставили роту Семеновского полка — 167 человек, а на следующий день туда были препровождены и остальные семеновцы, возмутившиеся против полкового командира Шварца. Это было первое массовое заключение, предшествовавшее заключению в крепость декабристов.
Для наиболее «злонамеренных декабристов» Алексеевский равелин открыл свои казематы в 1825 году. Гуляя по садику, они видели небольшую могилку, в которой по преданию и была похоронена таинственная княжна Тараканова. Со времен декабристов Алексеевский равелин и приобрел свою мрачную и страшную славу. Врач Петропавловской крепости Вильяме как-то сказал одному из заключенных: «Я старик и голова моя поседела тут на службе, а не помню, чтобы отсюда куда-нибудь увозили иначе, как на кладбище или в сумасшедший дом».
Каменная тюрьма в Алексеевском равелине была возведена в 1797 году на месте старой деревянной пристройки Декабрист Д. И. Завалишин так описывал ее:
«Небольшой мостик соединял равелин с крепостью: со стороны равелина на нем дежурили два инвалида, а со стороны крепости — два гвардейских часовых из сменявшегося ежедневно гвардейского караула. Заключенные в равелине были известны уже не под своим именем, а под номером комнаты, в которой содержались. Когда требовали кого-нибудь в Следственный комитет, то посылался плацадъютант крепости с бумагой о присылке номера такого-то. Посланный останавливался на мостике, передавал бумагу начальнику инвалидной команды, выходившему всегда навстречу. Это бывало всегда поздним вечером или ночью. Арестанту надевали на голову черный мешок и так вели в Следственный комитет».
В 1849 году в Алексеевском равелине сидели 13 петрашевцев; арестованный 7 июля 1862 года Н.Г. Чернышевский пробыл здесь 678 дней. В это время режим содержания заключенных был сравнительно мягким, они могли получать книги, писать и даже печататься. Но «мягкость» эта была относительной двери всех камер выходили во внутренний коридор, а в каждой двери находилось небольшое окошечко, прикрытое со стороны коридора зеленой шерстяной занавеской. По коридору ходили два часовых с обнаженными саблями.