Как уже упомянуто было выше, царевич лишился двух жен: первой – из рода Сабуровых, второй – из семейства Петровых-Соловых и на двадцать шестом году вступил в брак с боярышней Еленой Шереметевой.
Юная супруга царевича, происходя из знатнейшего среди семейств российских, отличалась не только цветущей красотой, но также и кротостию нрава в сочетании с беззаботной веселостью, присущей ея летам. Мудрено ли, что Иоанн всем сердцем привязался к милой подруге своей, и вскоре союз этот должен был увенчаться рождением наследника. Душа царевича была преисполнена ликования, да и все кругом радовались будущему умножению царственной отрасли, однако кто мог знать знать, что способно возбудить ярость грозного царя? В некий роковой час Иоанн, войдя в покой невестки своей, увидел ее сидящей в окружении сенных девушек, одетой в легкое домашнее платье, что пристало деликатному ее положению, а не в полном роскошном облачении, предписанном обычаям двора. Разгневанный царь вскричал, что таковой наряд позорит сан царевны и оскорбляет его царское достоинство. Подобными суровыми словами порицал Иоанн Васильевич царевну Елену, которая лишь заливалась в ответ горькими слезами, служанки же ее и ближние боярыни были ни живы и не мертвы от страха.
Привлеченные шумом на половине царевны, взошли туда Иоанн Иоаннович и сопровождавший его неотлучно Борис Годунов. И тут зрелище рыданий сокрушенной супруги совершило то, что прежде не давала подвигнуть царевичу сыновняя почтительность. Он осмелился попрекнуть отца своего в излишней суровости. Иоанн Васильевич ужасно рассердился и закричал: «И ты злоумышляешь на меня, как последний из бояр моих!» В жестоком гневе своем он даже хотел ударить тростью по голове любимого сына. Но Борис Годунов, ставя жизнь наследника царского много выше собственной, и не желая, дабы свершилось ужаснейшее из мыслимых злодеяний, бросился между отцом и сыном, и жезл царский пронзил преданнейшее сердце, что билось в среде слуг государевых. В ту же минуту Борис упал, обливаясь кровью. Горько пожалел Иоанн, любивший Бориса не менее родного сына, о содеянном, но было поздно. Через четыре дня верный, благородный и добрый боярин, коему суждено, возможно, было стать самой недежной опорой престола, кротко скончался на руках царя, умоляя лишь об одном – дабы не была оставлена попечением его единственная малютка-дочь, явившаяся на свет едва ли не не в самый скорбный день кончины родителя своего.
Ужасно было отчаяние Иоанна! Никто не думал тогда, что печальный государь в немой горести сидевший над телом воспитанника, был тот же грозный Иоанн, перед которым дрожали и подданные, и чужеземцы. Иоанн чувствовал, что это ужасное несчастье ниспослано ему как некое предупреждение – ведь если бы не самопожертвование Бориса, он мог бы собственной рукой сразить наследника своего. Приняв сие за небесное знамение, указующее ему на бесчисленные жестокости его, сокрушенный царь укрепился мыслью оставить престол и кончить жизнь в монастыре, приняв постриг и затвор в отдаленной Соловецкой обители, славной суровым уставом, дабы ничто не могло напомнить ему о мирских соблазнах. Так сильно было раскаяние Иоанна, что не только все добрые подданные, но даже и те, которые еще ненавидели его за вынесенные страдания, не могли без слез смотреть на его горесть. Впрочем, находились и такие развращенные сердца, во всем готовые усмотреть злодейство, что утверждали, будто решение царя было принято не по доброй воле, но царевич приказал постричь отца своего. Но голос клеветников этих был слаб и не колебал веры народной. Так закончилось царствование Иоанна, славное и ужасное, как бывают полезны для земли гром и молния, убийственные для нескольких жизней и благодетельные для всего живого. Смиренный же старец Иов, инок Соловецкого монастыря, неустанно предаваясь бдениям, молитвам и посту, вскорости скончал дни свои в уединенной келье, столь же рознившейся от роскошных палат кремлевских, как сам ее обитатель от себя прежнего.