Гражданская война, в которой погибла Римская республика, началась.
На первый взгляд, военно-политическое положение Цезаря было непрочным. Ему противостояла мошная коалиция талантливого полководца Помпея с его армией и правящего сената, т. е. существующего правительства, располагавшего не только всем авторитетом законного органа управления, но и огромной государственной казной. Однако реальное положение Цезаря оказалось более устойчивым, чем могло показаться на первый взгляд. С военной точки зрения, силы Цезаря были более значительными, чем у Помпея и сената. Если по общей численности они были более или менее равными (по 12–14 легионов у каждого), армия Цезаря была монолитна, приобрела большой опыт ведения войны в Галлии, была полностью отмобилизованной и готовой к самым решительным действиям.
Цезарь же использовал фактор внезапности в полной мере. Форсировав Рубикон, он стремительно продвигался по Фламиниевой дороге к Риму, практически нигде не встречая сопротивления. Обескураженный таким стремительным развитием событий, Помпеи спешно переправился в Грецию, чтобы собрать там свои разрозненные легионы, насколько это было возможно, и выжидать дальнейшего развития событий. Вместе с Помпеем в Грецию бежали и многие сенаторы. Цезарь беспрепятственно захватил Рим и получил в свои руки обширную государственную казну. План его блестяще удался. Цезарь, провозглашенный диктатором, провел набор воинов, пополнил свою армию до 7 легионов и мог приступить к выполнению следующих задач. Он не стал преследовать Помпея в Греции, а решил разгромить его сильную группировку, стоящую в далекой Испании (8 легионов). Испанские легионы оказали упорное сопротивление диктатору, но деморализованные из-за отсутствия своего главнокомандующего, который в этот момент собирал силы в Греции, они были блокированы Цезарем при городе Илерде и капитулировали (49). Большая часть воинов получила прощение, была приглашена в армию Цезаря, пополнив ее ряды.
Победа при Илерде еще более ухудшила общее положение сенатской партии. Однако в распоряжении сената были еще очень большие силы, собранные в Греции (до 10 легионов), кроме того, в распоряжении Помпея находились огромные материальные ресурсы богатых восточных провинций, в которых правили наместники, назначенные сенатом. Как и прежде, Цезарь действовал решительно и смело.
Решающая битва при Фарсале (лето 48 года) закончилась полным поражением Помпея.
Победа Цезаря была полной. Сам Помпеи бежал на Лесбос, оттуда попытался проникнуть в Египет, в котором надеялся получить финансовую помощь от своего прежнего союзника — египетского царя. Однако египтяне уже знали о сокрушительном поражении Помпея при Фарсале. Желая извлечь политические выгоды из ситуации, ближайшие советники египетского царя организовали убийство Помпея и передали его голову Цезарю.