Оказавшись в Египте, Цезарь был втянут в запутанные внутриегипетские дела. Дело в том, что в 51 году умер царь Птолемей XII, и между его детьми, 12-летним сыном Птолемеем XIII и 18-летней дочерью Клеопатрой VII (вернее, между их придворными кликами), разгорелось соперничество. Победу одержали сторонники юного Птолемея, Клеопатра была отстранена от власти и выслана из Александрии. Но энергичная Клеопатра не смирилась со своей участью. Воспользовавшись прибытием Цезаря, Клеопатра проникла к римскому диктатору, сумела увлечь его своей красотой, а также выгодностью политического союза между ею, как повелительницей Египта, и римским командующим. Увлеченный красотой и незаурядным умом юной царицы, необходимостью решения сложных внутридинастических отношений, Цезарь провел в Египте девять месяцев, бросив на самотек все другие военные и политические дела.
Правда, в Египте ему удалось подавить сопротивление противников Клеопатры и утвердить ее власть (брат Клеопатры Птолемей погиб в борьбе), причем в этой междоусобной борьбе Цезарь чуть не погиб, а печальным последствием этой династической распри была гибель в пожаре бесценных сокровищ Александрийской библиотеки (47). И хотя благодарная Клеопатра предоставила в распоряжение Цезаря все свои огромные богатства, длительное пребывание в Египте позволило политическим противникам Цезаря оправиться от поражения и вновь собрать свои силы.
Мощная, хорошо укомплектованная армия помпеянцев стояла в Африке (около 6 легионов) Оставленные в Испании легионы Помпея, капитулировавшие под Илердой и прощенные Цезарем, взбунтовались, призвали к себе сыновей Помпея Секста и Гнея и выступили против власти победителя. Сын Митридата VI Фарнак — правитель Боспорского царства решил воспользоваться политической неразберихой в восточных провинциях. Во главе армии в 30 000 воинов он переправился в Малую Азию, захватил территорию бывшего Понтийского царства, а заодно Колхиду, Малую Армению, часть Каппадокии и даже Вифинии. В итоге, пока Цезарь находился в Египте, он оказался в кольце врагов.
Тяжелое военное положение Цезаря усугублялось социальными волнениями в центре государства, в самом Риме и Италии.
Ростом социальной напряженности попытались воспользоваться честолюбивые официальные магистраты. Так, в 48 году претор Камелий Руф предложил радикальный законопроект об отмене всех долгов и тем самым приобрел огромную популярность у столичного плебса и бедного италийского населения. Такая радикальная мера, как отмена всей задолженности, могла привести к самым серьезным потрясениям всех владельческих отношений и к непредсказуемым последствиям. Естественно, ни Цезарь, ни сенат не могли с этим согласиться. Сенат сместил Целия Руфа с должности претора, он был вынужден бежать из Рима на юг Италии. Здесь Целию Руфу удалось собрать значительные силы сторонников отмены всех долгов, главным образом из числа беднейшего населения италийских городов. Популярность и силы Целия Руфа стремительно росли. Дело стало принимать самый серьезный оборот и потребовало принятия от сената и оставленных Цезарем магистратов решительных мер. Из Рима были направлены достаточно крупные силы, которым удалось без особого труда рассеять плохо организованные скопления сторонников Целия Руфа, сам он погиб в бою. В следующем году проблему задолженности вновь попытался поднять народный трибун Корнелий Долабелла. Он возобновил законопроект о кассации долгов, а когда сенат решительно отверг этот законопроект, Долабелла призвал римское население к восстанию. Оставленный Цезарем в Риме в качестве его заместителя Марк Антоний решительно вмешался в события, восстание было подавлено, а Долабелла был отстранен от своей должности. Однако военное подавление обоих восстаний отнюдь не решало острой проблемы задолженности, и она продолжала лихорадить общественную атмосферу.