Пришлось переналаживать торговые и банковские связи смотря по обстоятельствам. В Риме в декабре 1481 года, как раз когда папа мирился с Флоренцией, Джованни Торнабуони заключил компромиссное соглашение с Апостолической палатой. В уплату долга Медичи Рим передавал свои запасы квасцов. Лучше было бы получить долг звонкой монетой, ибо сбывать сырье стало очень трудно: всю торговлю квасцами держали в руках генуэзцы, а филиалы Медичи в Лондоне и Брюгге, куда можно было бы вывезти минерал, уже не существовали. Впрочем, несколько позже (в 1485 году) фирме удалось вернуться в прибыльную торговлю квасцами, но ненадолго: время доходной торговли прошло. Оставалась банковская деятельность. Возвратив себе фавор у папы, Джованни Торнабуони вернул и доверие постоянных клиентов — вкладчиков. В 1483 году фондовые операции принесли значительную прибыль, а убытков зафиксировано не было. Так продолжалось как минимум до 1487 года. В этом году Торнабуони заключил со своим племянником Лоренцо Медичи новый партнерский договор. Прежняя компания была ликвидирована, 18 783 дуката разделены: три четверти отошло к Лоренцо, одну четверть получил его дядя. Доходы должны были делиться в той же пропорции, что и капитал старой компании. Новая компания должна была обеспечить контроль над филиалом. Было оговорено, что Джованни Торнабуони может забрать три тысячи дукатов, вложенные в лионский филиал, дела которого тогда сильно хромали. Тем самым он фактически готовился отойти от дел. Вскоре Джованни уехал из Рима во Флоренцию, возложив управление банком на своего племянника Онофрио. На положении конторы плохо сказывались крупные займы, которые Джованни в угоду брачной политике Лоренцо был вынужден выдать папе Иннокентию VIII, его сыну Франческетто, а также Орсини.
Франческо Сассетти, основного компаньона Лоренцо и главного управляющего банком Медичи, неприятности римского филиала задели лишь косвенно. Но зато но нему тяжело ударило дурное управление лионским филиалом, где он был в доле с Лоренцо. Филиалом заведовал Лионетто Росси — муж незаконной сестры Лоренцо Марии. После смерти жены в 1479 году Лионетто уже не мог как родственник пользоваться снисходительным отношением Лоренцо. Ему следовало вести свои дела как можно осторожнее. Он же, наоборот, втянул контору в рискованные операции, вынудившие Лоренцо и Сассетти дважды посылать в Лион ревизора Лоренцо Спинелли — агента Медичи в Монпелье. Ревизии показали, что капитал филиала по большей части вложен в дорогие товары, ювелирные изделия и ковры, которые невозможно быстро продать, чтобы исправить торговый баланс Лион извлекал из римского банка такие суммы, что Джованни Торнабуони пришлось несколько раз отказываться от уплаты по его векселям. Наконец, выплаты французского духовенства Риму за свои патенты так долго задерживались в Лионе, что у этой конторы постоянно оставалась недоимка перед Апостолической палатой. Традиционные взаимозачеты международных банков на Лионской ярмарке также подпортили положение филиала банка Медичи.