Стало ясно, что Лионетто Росси своими действиями довел банк до неплатежеспособности. В 1485 году Лоренцо вызвал зятя во Флоренцию, где, по согласованию с Сассетти, арестовал его и посадил в Стинке, в 1487 году ненадолго отпустил и вновь посадил: Лионетто был должен прежним компаньонам 30 тысяч флоринов, заплатить которые никак не мог. Новый ревизор Агостино Билиотти установил, что дефицит филиала достиг астрономической суммы 50 тысяч экю. Чтобы спасти лионский банк от банкротства, необходимо было распустить старую управляющую компанию и создать новую в составе Лоренцо, Франческо Сассетти и Джованни Торнабуони — последний, очевидно, вступил в нее не без давления племянника. Лоренцо Спинелли назначили управляющим. Но ему не удалось восстановить дело. В мае 1488 года недужному старику Сассетти пришлось отправиться в Лион приглядеть за конторой, и оказалось, что новый управляющий ничуть не лучше старого. Спинелли присвоил себе огромную часть компенсации (3 тысячи экю), вынес из банка ювелирные изделия и другие драгоценности. Он давал займы самому себе — не из личной корысти, а чтобы отчетность выглядела лучше. Сассетти провел во Франции год и пять месяцев, пытаясь вернуть суммы, данные взаймы дворянам и высшему духовенству. Возврат этих кредитов позволил филиалу вновь удержаться на плаву. Но банк Медичи разделил общую судьбу всех итальянских банковских отделений в Лионе. В марте 1484 года правительство Карла VIII запретило вывозить золотую монету в Италию, а также ввозить шелк и предметы роскоши во Францию. Впрочем, филиал продолжал играть важную роль в сношениях Флоренции с королевским двором: так, он вел переговоры с Людовиком XI о предоставлении юному Джованни Медичи аббатства Фондус. Но времена процветания филиала прошли. В марте 1490 года умер Сассетти, вместо него компаньоном стал его тщеславный и бестолковый сын Козимо. После этого дела покатились под гору еще быстрее.
Что касается других отделений банка Медичи, весьма разнообразные операции вел банк, находившийся в самой Флоренции — так называемая «Тавола», то есть «меняльная лавка». У него были большие торговые связи, особенно с Испанией и Левантом, откуда вывозились золото, серебро и другие ценные товары, в том числе шелк-сырец. Но основную прибыль «Тавола» получала от спекуляций с долговыми обязательствами «Монте» — флорентийского городского казначейства: банк покупал их по низкой цене, взимал по ним проценты и выгодно перепродавал. Немало давали и пункты обмена денег, открытые банком.
Во время заговора Пацци ответственность за флорентийское отделение возлагалась на Франческо Нори (он возглавлял лионский банк, но был изгнан из Франции, не сойдясь характером с Людовиком XI). 26 апреля 1478 года он был убит в Санта-Мария дель Фьоре, прикрывая бегство Лоренцо, и это место занял его помощник Лодовико Мази. В 1482 году в управление «Таволой» входили мажоритарные компаньоны Лоренцо и Франческо Сассетти, а с 1484 года также Джованни Торнабуони и Агостино Билиотти. Постепенно и во Флоренции дела пошли на спад.