Этот пламенный проповедник нового учения, гроза католического духовенства, давно уже стал следить за движением в Женеве. По своему положению она представлялась самым удобным центром для религиозной пропаганды в романских землях. Необходимо было во что бы то ни стало приобрести этот город для реформации. Положение дел казалось благоприятным. И вот в октябре 1532 года Фарель появляется в Женеве.
Было бы слишком долго рассказывать все различные фазисы, через которые проходила религиозная пропаганда в Женеве. Успехи Фареля вначале были ничтожны. Его появление вызвало большое волнение в среде еще сильной католической партии, которой удалось добиться его изгнания. Тем не менее, Фарель и не думал отказываться от однажды намеченной цели. Он послал в Женеву своих учеников, которые стали вести дело с большей осторожностью. Но католическая партия была уже настороже. Совет наконец понял, что дал слишком разрастись протестантской партии, а это вовсе не входило в его расчеты. Против нового учения началась бы сильная реакция, если бы в защиту его не выступил Берн. Последний прямо поставил условием своего союза беспрепятственное допущение евангелических проповедников. Фарель вернулся назад и стал еще с большей резкостью громить католичество. К этому присоединилось бестактное поведение женевского епископа, который при виде угрожающей опасности заключил союз с Карлом III и открыто объявил войну своему родному городу. Французский король также вздумал воспользоваться смутами в городе и стал навязывать ему свое опасное покровительство. При таких обстоятельствах помощь Берна была более чем необходима, и для спасения независимости города совет решается окончательно пожертвовать католицизмом.
Старания Фареля, таким образом, увенчались успехом. Католичество было изгнано окончательно; с Берном, войска которого одержали блестящую победу над врагами Женевы, заключен в 1536 году “вечный мир”, по которому Женева признана независимой, но обязуется не заключать союзов с другими державами, не искать чужой помощи без согласия Берна, уплатить последнему большие суммы за военные издержки, открыть свободный доступ всем бернским гражданам; при этом самым прочным ручательством в сохранении мира должно служить полное единомыслие в делах веры.
Таким образом, после тридцатилетней борьбы Женева окончательно добилась независимости. Вместе с этим с 1535 года протестантизм признан господствующей религией. Католическое богослужение уничтожено: священники, монахи изгнаны, во всех церквах раздается евангелическая проповедь.