Однако, несмотря на победу над внешними врагами, состояние города было довольно плачевное. Долговременная борьба совершенно подорвала благосостояние жителей; торговля и промышленность находились в упадке. Большая часть богатых и наиболее деятельных семейств была в изгнании; среди оставшихся господствовали раздоры. Хуже всего было то, что в городе не нашлось ни одной выдающейся личности, которая сумела бы внушить к себе доверие и восстановить порядок. Боннивар, освобожденный из своего заточения победоносным бернским войском, отличался двусмысленною нравственностью. Другие предводители партии независимости также не внушали доверия, заботясь более всего о своем личном обогащении за счет конфискованных частных и церковных имений. В массе народа господствовало сильное недовольство.
В еще более плачевном состоянии находилась церковь. Новая религия, принятие которой было в значительной степени вынуждено политическими соображениями, еще не успела, конечно, пустить глубоких корней в народе. В сущности, успех реформации был чисто внешним. Все атрибуты католицизма были тщательно истреблены, но на месте этого разрушенного старого здания необходимо было возвести прочное новое – требовалось ввести порядок в богослужении, установить ясную формулу веры для народа, еще недостаточно знакомого с новым учением и толковавшего Евангелие вкривь и вкось. Проповедники же по большей части продолжали по-прежнему громить преступления “римского антихриста” – дальше этого дело религиозного и нравственного перерождения общества не шло. А между тем потребность в твердой организующей руке чувствовалась в церкви не менее настоятельно, чем в государстве. Проповедники сами разнуздали народные страсти, чтобы достигнуть победы над католичеством. Все эти акты насилия, которыми сопровождалась евангелическая проповедь, ежедневно повторявшиеся сцены иконоборства и кощунства над предметами, которые в течение столетий почитались как святыни, – все это не могло не действовать на массу крайне деморализующим образом. Часто Евангелие служило лишь лозунгом, под прикрытием которого творились самые безобразные вещи. Новые проповедники также не могли служить образцами нравственной чистоты. По большей части это были прежние монахи, которые спешили пользоваться своею свободой и вместо примера служили только соблазном для народа. В числе этих эмигрантов, которым Женева гостеприимно открыла свои ворота, часто оказывались искатели приключений, беглые монахи, обокравшие свои монастыри, преступники, скрывавшиеся от правосудия.